Titelaufnahme

Titel
Methoden und Problematik der Identifizierung anspruchsvoller gramnegativer Stäbchen
Weitere Titel
Methods and difficulty of the identification of fastidious gramnegative rods
VerfasserBöhm, Bianca
Betreuer / BetreuerinDürschmied, Bernhard
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Anspruchsvolle gramnegative Stäbchen: Cardiobacterium / Kingella / Oligella und Dysgonomonas / Manuelle Identifizierung / automatische Identifizierung (MALDI-TOF MS) / Ergebnisse der DNA-Sequenzierung / der biochemischen Testreihen und der MALDI-TOF MS / Diskussion / Vor- und Nachteile der Identifizierungsmethoden / Zukunftperspektiven / Leitfaden für die Diagnostik im Routinelabor
Schlagwörter (EN)fastidious gramnegative rods: Cardiobacterium / Kingella / Oligella and Dysgonomonas / manual identification / automatic identification (MALDI-TOF MS) / result of the DNA-sequencing / of the biochemical systems and of the MALDI-TOF MS / discussion / advantages and disadvantages of the identification methods / future prospects / guideline for the diagnostics in a routine laboratory
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die Identifizierung klinisch relevanter anspruchsvoller gramnegativer Stäbchen stellt eine große Herausforderung an das Routinelabor dar. Daher besteht ein Bedarf an verlässlichen und schnellen Identifizierungssystemen.

In dieser Arbeit wurden 77 Stämme aus der Gruppe der anspruchsvollen gramnegativen Stäbchen mittels manuellen biochemischen Systemen und mit der MALDI-TOF Massenspektrometrie (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry), unter der Berücksichtigung der 16S rDNA-Sequenzierung als Goldstandard, getestet. Für die biochemische Auswertung wurden die Testreihen API 20 E®, API 20 NE® und rapid ID 32 A® der Firma bioMérieux und RapIDTM NH, RapIDTM ANA II und RapIDTM NF Plus der Firma Remel verwendet.

Es gab kein biochemisches System, das für alle Gattungen geeignet war. Die Gattung Capnocytophaga konnte sehr gut mit dem RapIDTM ANA II identifiziert werden. Die Spezies Eikenella corrodens war sowohl mit dem API 20 E® System, unter der Verwendung des Trübungsstandards McF. 1, als auch mit dem RapIDTM NH Panel sehr gut identifizierbar. Die Gattung Pasteurella ließ sich sehr gut mit dem API 20 NE® System klassifizieren. Die Gattung Brucella konnte mit keinem biochemischen System erkannt werden. Lediglich im API 20 E® und API 20 NE® wurde darauf hingewiesen, dass es sich um eine Brucella sp. handeln könnte. Der Erreger Cardiobacterium hominis konnte mittels RapIDTM NH Panel eindeutig identifiziert werden. Für die Gattungen Kingella und Dysgonomonas hat sich kein biochemisches System bewährt. Die Gattung Oligella konnte am besten mit dem API 20 NE® identifiziert werden. Insgesamt konnten mit den biochemischen Systemen 83,12% der Keime auf Genusebene und 59,74% auf Speziesebene richtig identifiziert werden. Mit der MALDI-TOF Massenspektrometrie konnten 92,20% der analysierten Keime auf Genusebene und 71,42% auf Speziesebene richtig identifiziert werden. Die MALDI-TOF MS hat sich somit für die Identifizierung anspruchsvoller gramnegativer Stäbchen sehr bewährt.

Zusammenfassung (Englisch)

The identification of clinically relevant fastidious gramnegative rods is a great challenge for a routine laboratory. Therefore, there is a need on reliable and rapid identification systems.

In the present study 77 strains of the group of the fastidious gramnegative rods were tested with manual biochemical systems and with the MALDI-TOF massspectrometry (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) under the regard of the 16S rDNA-sequencing as gold standard. For the biochemical identification were used API 20 E®, API 20 NE® and rapid ID 32 A® from the company bioMérieux and RapIDTM NH, RapIDTM ANA II and the RapIDTM NF Plus from the company Remel.

No biochemical system was able to detect all genera. The genus Capnocytophaga was correctly identified with the RapIDTM ANA II. The species Eikenella corrodens was correctly identified with the API 20 E® with a McFarland of 1 and with the RapIDTM NH panel. The genus Pasteurella was correctly classified with the API 20 NE®. The genus Brucella was not identified with any biochemical system. Only in the API 20 E® and API 20 NE® was an evidence for the possibility of a Brucella sp.. The pathogen Cardiobacterium hominis was correctly identified with the RapIDTM NH. No biochemical system was successful for the identification of the genera Kingella and Dysgonomonas. The best identification system for the genus Oligella was the API 20 NE®. All in all 83,12% of the strains were correctly identified at the genus and 59,74% were correctly identified at the species by biochemical systems. With the

MALDI-TOF MS 92,20% of the analyzed strains were correctly identified at the genus and 71,42% were correctly identified at the species. The MALDI-TOF MS has been successfully used for the identification of fastidious gramnegative rods.