Titelaufnahme

Titel
Vergleich von MIRU-VNTR-Typisierung und Tandem Repeats-Sequenzanalyse in Mycobacterium tuberculosis
Weitere Titel
Comparison of MIRU-VNTR typing and tandem repeats sequence analysis in Mycobacterium tuberculosis
AutorInnenRatz, Christine
GutachterPrevedel, Christine
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Mycobacterium tuberculosis / Genotypisierung / MIRU-VNTR-Typisierung / Tandem Repeats-Sequenzanalyse
Schlagwörter (EN)Mycobacterium tuberculosis / Genotyping / MIRU-VNTR typing / Tandem repeats sequence analysis
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die Tuberkulose (TB) zählt zu den bedeutsamsten Infektionskrankheiten der Welt und stellt die häufigste bakterielle Todesursache sowie die führende Todesursache bei HIV-Infizierten dar.

Molekularbiologische Methoden zur Typisierung von Erregern des Mycobacterium tuberculosis-Komplexes (MTC) zeigen wichtige Einblicke in die Pathogenese der Erkrankung und ermöglichen die Erforschung der Epidemiologie der Tuberkulose sowie die Durchführung phylogentischer Studien. Die MIRU (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units)-VNTR (Variable Number of Tandem Repeats)-Typisierung ist eine häufig verwendete Methode und verspricht neben hoher Diskriminationsfähigkeit ausreichende Stabilität und gute Reproduzierbarkeit. Sie beruht auf der Analyse von 24 DNA-Abschnitten und den darin enthaltenen Tandem Repeats (TR). Die Anzahl der Tandem Repeats wird durch die Größe der 24 analysierten MIRU-Loci ermittelt. Da diese Methode lediglich die Fragmentgröße bestimmt und keine Aussagen über die Basenabfolge der Tandem Repeats zulässt, wurde diese im Rahmen der Studie untersucht. Sequenzunterschiede sowie Variabilitäten in der Abfolge und Anzahl der Repeats sollten ermittelt werden. Des Weiteren wurden die Ergebnisse der Tandem Repeats-Sequenzanalyse mit den Ergebnissen der MIRU-VNTR-Typisierung verglichen, mit dem Ziel, die Erkenntnisse zu einer Vereinfachung der Methode zu nutzen.

Die Auswertung der Ergebnisse ergab keine Variabilitäten in der Abfolge der Tandem Repeats. Die 15 untersuchten Proben unterschieden sich lediglich durch die Anzahl der Wiederholungen. Beim Vergleich der beiden Methoden wurde eine weitgehende Übereinstimmung der Ergebnisse festgestellt. Die Möglichkeit einer Reduzierung der zu untersuchenden Loci bedarf weiterer Untersuchungen.

Zusammenfassung (Englisch)

Tuberculosis (TB) is one of the most important infectious diseases in the world and represents the most common bacterial cause of death and the leading cause of death in HIV infected people.

Molecular typing methods of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) strains reveals important insights into the pathogenesis and epidemiology of TB infection and the implementation of phylogenetic studies. MIRU (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units)-VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) typing is a commonly used method which promises high discriminatory power, sufficient stability and good reproducibility. It is based on the analysis of 24 loci located at different sites of the genome of MTC strains and the therein contained tandem repeats (TR). The number of tandem repeats is determined by the size of the 24 analyzed MIRU loci. Since this method will only determine the fragment size and does not allow conclusions about the sequence of the tandem repeats, this topic was of high interest and investigated during this study. Sequence differences and variability in order and number of repeats should be found. Furthermore, the results of tandem repeats sequence analysis were compared with the results of MIRU-VNTR typing with the aim to simplify the MIRU-VNTR typing.

The evaluation of the results showed no variability in the order of the tandem repeats within the investigated loci. The 15 analyzed samples differed only in the copy number of the detected TR. The comparison of the two methods revealed similar results. Due to a small sample size further investigations will be needed to answer the research question if the number of MIRU-VNTR typing loci can be reduced.