Titelaufnahme

Titel
Perfekte Übereinstimmungen in der Sequenz suchen
Weitere Titel
Searching for perfect matches in the sequence
AutorInnenGaco, Alexander
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)perfekte Übereinstimmungen / Sequenzsuche / DNA / Länge / Häufigkeit / Positionen / Appilkation
Schlagwörter (EN)perfect matches / sequence search / DNA / length / frequency / positions / alignment / application
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Zielsetzung für das Thema Perfekte Übereinstimmungen in der Sequenz suchen (Schnittstellen für Restriktionsenzyme) der Bachelorarbeit II war es nach perfekten Übereinstimmungen mit einem (meist kurzen Sequenzmuster) in einer DNA Sequenz zu suchen. Die Übereinstimmungen sollen gefunden und ausgegeben werden. Die Applikation soll eine grafische Benutzeroberfläche (als Dialog zwischen dem Programm und dem User) enthalten.

Es soll eine Volltextsuche in einer DNA Sequenz realisiert werden. Dabei soll gezählt werden, wie oft das gesuchte Muster in der DNA Sequenz vorkommt und an welchen Stellen (Positionen) das gesuchte Muster vorhanden ist. Die Anzahl an Übereinstimmungen und die Positionen in der Sequenz sollen auf geeignete Weise ausgeben werden.

In diesem Zusammenhang soll auch geklärt werden:

Was sind die bioinformatischen Anwendungen für eine solche Suche? Warum will man Sequenzmuster finden, gibt es in der Bioinformatik auch Anwendungen bei denen keine perfekten Übereinstimmungen gesucht werden? Welche und warum ist das eine größere Herausforderung?

Zusammenfassung (Englisch)

The aim for the present work searching for perfect matches in the sequence was to get perfect alignments in a DNA sequence with (mostly short sequence) pattern. The matches should be found and displayed.

A GUI (Graphical user interface) for an interaction between user and application should be developed.

A full text search should be realised in a DNA sequence. It should thereby be counted, how often and at which positions the pattern in the DNA sequence was found. The count of matches and obtained positions should be displayed in an appropriate way.

In this context should also be clarified:

What are the uses in bioinformatics for such a search? Why wants one to find sequence pattern, are there in the bioinformatics also uses in which no perfect alignments are searched for?

Which one and why is this more challenging?