Titelaufnahme

Titel
Visualisierung von PDB-Daten mittels Variationen des Ramachandran-Plots
Weitere Titel
Visualisation of PDB-Data by Variations of the Ramachandran-Plot
VerfasserGradwohl, Werner
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Proteinstruktur / Motiv / Sekundärstruktur / Peptidbindung / Dihedraler Winkel / Ramachandran-Plot / PDB
Schlagwörter (EN)Protein structure / Motif / Secondary Structure / Peptide bond / Dihedral Angle / Ramachandran Plot / PDB
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

ProteinDataBank-Dateien codieren primär die dreidimensionale Anordnung der Atome in Makromolekülen.

Deren biologische Funktion wird wesentlich von ihrer Struktur bestimmt, weshalb die auszugsweise Darstellung unterschiedlicher Parameter derselben Rückschlüsse auf den Aufbau in verschiedenen für die Funktionsweise relevanten Strukturebenen zulässt. Das vorliegende Projekt verwendet hierzu die Projektion der dihedralen Winkel zwischen den Aminosäureresten einer Proteinsequenz in ein orthogonales und in ein Polarkoordinantensystem. Zusätzlich werden die die relative Orientierung bestimmenden Winkel unterschiedlich zu Winkelpaaren zusammengefasst. Die Einschränkung des Wertebereichs zum Zwecke der Motiv-Analyse wird mittels Farbcodierung repräsentiert.

Zusammenfassung (Englisch)

Protein Data Bank files encode primarily the three-dimensional configuration of atoms in macromolecules.

Their biological function is largely determined by their structure, so the partial representation of different parameters of these allows the structure to be deduced in different structural levels relevant for the operation. The present project makes use of the projection of the dihedral angles between amino acid residues of a protein-sequence into an orthogonal and in a polar coordinate system. Additionally the angles determining the relative orientation are combined in two different ways to pairs of angles. The restriction of the range of values for the purpose of motif analysis is represented by color coding.