Titelaufnahme

Titel
Entwicklung einer Applikation zur Lokalisierung von open reading frames und deren visuelle Darstellung in Java
Weitere Titel
Development of an application to localize open reading frames on a DNA sequence and the visual presentation of the results in Java
VerfasserMühlmann, Christian
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Sequenzsuche / Java / offenes Lesteraster / grafische Benutzeroberfläche / grafische Sequenzdarstellung / Startcodons / Stopcodons / reguläre Ausdrücke
Schlagwörter (EN)sequence alignment / Java / open reading frame / graphical user interface / graphical sequence output / startcodon / stopcodon / regular expressions
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Ein Programm wurde in der Programmiersprache Java entwickelt, welches es ermöglicht, auf einer DNA Sequenz die im Fasta Format eingegeben wird, open reading frames zu lokalisieren. Dabei wird der Leseraster von einem gewünschten Startcodon bis zum ausgewählten Stopcodon ausgelesen, sowie die Subsequenz und Position des Leserasters ausgegeben. Der Frameshift ist ebenso bestimmbar wie die Leserichtung der Sequenz. Zusätzlich erfolgt eine grafische Darstellung der gefundenen ORFs in Relation zur gesamten Basensequenz

Zusammenfassung (Englisch)

The programming language Java was used to develop a programm which allows to find open reading frames. Therefor a DNA sequence in FASTA format is used as the input. The programm shows the frames from a definable start- to a definable stopcodon. The user is allowed to view the results from every frame as well as from both strands – the normal and the complementary one. Last but not least a graphical illustration of the found reading frames in relation to the whole source sequence is available.