Titelaufnahme

Titel
Globales Alignment - Eine Implementierung des Needleman Wunsch Algorithmus
Weitere Titel
Global Alignment - An implementation of the Needleman Wunsch Algorithm
VerfasserSandraschitz, Irene
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Globales Alignment / Needleman Wunsch / dynamisches Programmieren / Sequenzvergleich / paarweise
Schlagwörter (EN)global alignment / Needleman Wunsch / dynamic programming / nucleotide sequences / pairwise
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Das globale Alignment basierend auf dem Needleman Wunsch Algorithmus von 1970 ist nicht die effizienteste Methode paarweise Sequenzvergleiche durchzuführen. Allerdings handelt es sich um eine besonders präzise Möglichkeit, Sequenzen miteinander zu vergleichen. Im Rahmen der Bachelorarbeit wurde der fachspezifische Hintergrund des Sequenzvergleichs kurz dargestellt und in einem zweiten Schritt das begleitende Java Programm erläutert. Nachdem zwei Sequenzen eingelesen wurden und drei Zahlenwerte (gap, mismatch, match) eingegeben wurden, erfolgt der Vergleich zweier Sequenzen basierend auf dem Needleman Wunsch Algorithmus. Eine score Matrix wird anhand der Ausgangswerte berechnet und eine traceback Matrix zur Rückverfolgung des Alignments wird ebenfalls erstellt. Das fertige Alignment wird mittels einer Textdatei ausgegeben und abgespeichert.

Zusammenfassung (Englisch)

The global alignment of two sequences with the Needleman Wunsch algorithm, is not the fastest but one of the most accurate methods for sequence alignment. Aim of this work is to give an overview of the biological background to pair wise sequence alignment and to describe the outlines of a Java programme that can be used to compare sequences according to the Needleman Wunsch algorithm. The programme is based on the input of two sequences and the possibility to alternate the match/mismatch scores as well as the gap penalty. After all input variables are defined, a score matrix is filled automatically. At the same time within the traceback matrix, the traceback values are stored. The best cumulative alignment score is calculated and the subsequent optimal alignment is then stored in a separate text file.