Titelaufnahme

Titel
DNA Sequenzanalyse - Suche von Open Reading Frames - Entwicklung eines JAVA-Programmes mit graphischer Benutzeroberfläche
Weitere Titel
DNA Sequence Analysis - Searching for open reading frames - Development of a JAVA-program with graphical user interface
VerfasserStinzl, Rainer
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Sequenzanalyse / DNA / Java / Bioinformatik / Open reading frame / ORF
Schlagwörter (EN)Bioinformatic / Sequence data analysis / Open reading frame / ORF / DNA / Java
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die vorgelegte Arbeit beschreibt die Entwicklung eines Java-Programmes zur Suche von Open Reading Frames (ORF) in einer DNA-Sequenz. Neben den Grundlagen der Biologie, der Informatik und der Bioinformatik werden die für diese Arbeit substanziellen Begriffe erläutert. Als ORF wird der Sequenzbereich zwischen einem Start- und Stopp-Codon bezeichnet, wobei das Stopp-Codon als Nonsensequenz nicht mehr hinzugerechnet wird. Ein ORF liefert den ersten Hinweis auf ein potentielles Gen, welches über die Transkription in eine m-RNA zur Translation in eine Aminosäuresequenz letztendlich zu einem Protein führt. Mithilfe des Programmes ist es möglich über eine graphische Oberfläche, entweder über eine direkte Eingabe, copy and paste oder über das Einlesen einer Datei im Fasta-Format alle ORFs der sechs möglichen Leseraster zu ermitteln. Das Programm liefert ein textbasiertes Ergebnis.

Zusammenfassung (Englisch)

The subject of this study is the development of a JAVA-program which is used for searching open reading frames (ORF) within DNA sequences. In the first part of the paper the fundamental basics of biology, informatics and bioinformatics, as well as all relevant terms are described. An ORF is a section of a sequenced piece of DNA that begins with an initiation codon and ends with a stop codon (nonsense codon). Whereby the stop codon is not part of the ORF. ORFs can encode a protein by transcription to build a messenger RNA, which is then translated to a protein sequence. By using the graphical user interface the operator can either import a file in Fasta-format, copy and paste sequences directly, or type in a DNA-sequence. Finally the result of all six possible frames is printed out in a text format.