Bibliographic Metadata

Title
Darstellung eines phylogenetischen Baums anhand einer Distanzmatrix mithilfe des UPGMA Algorithmus in Java
Additional Titles
Drawing a phylogenetic tree based on a distance matrix using the UPGMA algorithm in Java
AuthorTresky, Roland
Thesis advisorKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Published2012
Date of SubmissionJune 2012
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Phylogenetischer Baum / UPGMA
Keywords (EN)Phylogenetic Tree / UPGMA
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Die Bioinformatik gewinnt als interdisziplinäre Wissenschaft immer mehr an Bedeutung. Einer ihrer wichtigsten Beiträge ist die Sequenzierung der Genome lebender Organismen und die Veranschaulichung evolutionärer Prozesse. Eines ihrer Einsatzbereiche ist die Phylogenie, welche die Entwicklung der Lebewesen systematisch zu erfassen versucht. Nach einer molekularbiologischen Analyse werden die gewonnen Daten einer Clusteranalyse unterzogen um Verwandtschaften unter den Arten zu erkennen und diese in einem phylogenetischen Baum darstellen zu können. Diese Arbeit beschäftigt sich mit dem einfügen und der Implementierung des UPGMA Algorithmus als Clustering Methode mit Hilfe der Programmiersprache Java. Anhand einer vorgegebenen Distanzmatrix soll ein Stammbaum der Organismen erstellt und visuell dargestellt werden. Dabei wurde besonders darauf geachtet das Programm so zu gestalten um mögliche Erweiterungen einfach umsetzen zu können.

Abstract (English)

Bioinformatics is becoming increasingly important as an interdisciplinary science. One of its most important contributions is to sequence the genomes of living organisms and the illustration of evolutionary processes. The phylogeny is one of its major applications, which tries to understand the evolution of the species. After a molecular biological analysis, the collected data is analysed by a clustering algorithm and drawn as a phylogenetic tree. This bachelor thesis is about implementing such a clustering Method in Java. From a given distance matrix of organisms a family tree is calculated by the UPGMA algorithm and displayed visually on the screen. The way the program is designed allows the implementation of extensions if needed.