Titelaufnahme

Titel
Automatische Genotypisierung einer Short Tandem Repeat Triplex PCR Amplifikation
Weitere Titel
Automatic genotyping of a short tandem repeat triplex PCR amplification
VerfasserMann, Anda Corina
GutachterDauber, Eva-Maria
Erschienen2013
Datum der AbgabeJuni 2013
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)ACTBP2 (SE33) / Allel / DNA / D8S1132 / D12S391 / Fragmentanalyse / Locus (Genort) / Multiplex-PCR / Polymorphismus / Short Tandem Repeat (STR)
Schlagwörter (EN)ACTBP2 (SE33) / Allel / DNA / D8S1132 / D12S391 / Fragment analysis / Locus / Multiplex-PCR / Polymorphism / Short Tandem Repeat (STR)
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Analyse von Short Tandem Repeats (STRs), die in der Literatur auch als Mikrosatelliten bezeichnet werden. Sie sind nichtkodierende DNA-Elemente und haben einen festen Platz als genetisches Typisierungsverfahren in den Bereichen der Verwandtschaftsanalyse, in der forensischen Spurenanalyse und in verschiedenen klinischen Anwendungen.

Die STRs lassen sich effizient mittels einer Polymerasenkettenreaktion (PCR) mit fluoreszenzmarkierten Primern amplifizieren. Anschließend erfolgt die Typisierung zumeist in der Kapillarelektrophorese.

Die Multiplex-PCR ist die gleichzeitige PCR mit mehreren Primerpaaren in einer Reaktion und wird als Standardmethode eingesetzt. Sie ermöglicht durch weniger Untersuchungs-schritte mehr Informationen aus einer Probe zu erhalten und den Verbrauch von genetischem Material zu reduzieren.

Ziel dieser Arbeit ist, die am häufigsten vorkommenden Allele der Loci ACTBP2 (SE33), D12S391 und D8S1132 zu erfassen. Die Wichtigkeit dieser Informationen besteht darin, dass sie für die Charakterisierung von allelischen Leitern benötigt werden. Damit wird die automatische Genotypisierung der Triplex-PCR-Amplifikation dieser drei Loci in der folgenden Bachelorarbeit möglich.

STR-Locus spezifische Informationen werden in tabellarischer Form präsentiert. Neben den am häufigsten vorkommenden Allelen dieser drei STR-Loci, werden auch andere wichtige Informationen wie chromosomale Lokalisation, Primer Sequenz, Wiederholungs-einheit (Repeat motif), sowie die GenBank Accession Number für den jeweiligen STR-Locus beschrieben.

Zusammenfassung (Englisch)

This thesis deals with the analysis of short tandem repeats (STRs), also known as microsatellites in the literature. They are mostly noncoding DNA elements and have a firm place as genetic typing procedures in the areas of human identification, in forensic analysis and in a variety of clinical applications.

The STRs can be efficiently amplified by polymerase chain reaction (PCR) with fluorescent labeled primers. The typing occurs mostly in capillary electrophoresis.

The multiplex PCR, is a standard method which amplifies multiple primer pairs in one single reaction. It allows more information from a sample by fewer investigation steps to obtain and to reduce the consumption of genetic material.

The aim of this work is to summarize the most frequent occurring alleles of the loci ACTBP2 (SE33), D12S391 and D8S1132. The importance of this information is because they are needed to characterize allelic ladders. Based on the theoretic information about these Loci, the next step will be the automatic genotyping of the triplex PCR amplification for these three Loci in the following bachelor thesis.

The STR locus specific informations are presented in tabular form. In addition to the commonly occurring alleles of these three STR loci, other important information such as primer sequences, chromosomal localization, repeat unit and the GenBank accession number for the respective STR locus are presented.