Titelaufnahme

Titel
Alpha Thalassämie Diagnostik - Problematik des Nachweises heterozygoter Deletionen von ganzen Exons
Weitere Titel
Alpha Thalassaemia Diagnostics - Difficulties in detecting heterozygous deletions of entire exons
VerfasserSchuster, Linda
Erschienen2013
Datum der AbgabeJuni 2013
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Alpha Thalassämie / Allel-spezifische Oligonukleotid Hybridisierung und reverser dot-Blot / Direkte Sequenzierung / Fluoreszenz in situ Hybridisierung / Gap-PCR / Komparative genomische Hybridisierung / Multiplex ligation dependent probe amplification / Restriktionsfragment Längenpolymorphismus / Southern Blot
Schlagwörter (EN)Alpha thalassaemia / Allele specific oligoncleotide hybridization and reverse dot blot Amplification / refractory mutation system-PCR / Comparative genomic hybridization / Direct sequencing Fluorescent in situ hybridization / Gap-PCR / Multiplex ligation dependent probe amplification / Restriction fragment length polymorphism / Southern blot
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die Alpha Thalassämie zählt zu den am häufigsten vorkommenden genetischen Veränderungen im menschlichen Genom und resultiert aus einer Deletion eines oder beider HBA Gene. In dieser Bachelorarbeit werden verschiedene biomolekulare Methoden zur DNA-Analyse miteinander verglichen und ihre Vor- und Nachteile diskutiert, da keine der verwendeten Techniken hohe Spezifität und zugleich Sensitivität aufweisen kann.

Zu den gängigen Methoden zur molekularen Diagnostik von Alpha Thalassämie zählen die Allel-spezifische- und GAP-PCR, die reverse dot-blot Hybridisierung und die Sequenzierung.

Die GAP-PCR ist für die Detektion großer Deletionen im HBA Locus gebräuchlich, wohingegen die Sequenzanalyse für kleinere Deletionen oder Punktmutationen herangezogen wird. Zusätzlich werden Methoden, wie etwa Southern blot, Restriktionsfragment Längenpolymorphismus Analysen, komparative genomische Hybridiserung oder die Fluoreszenz in situ Hybridisierung eingesetzt, um einige andere Formen der Alpha Thalassämie zu detektieren.

Die Problematik ergibt sich bei der Erkennung heterozygoter Deletionen ganzer Exons, da für die Detektion aufwendige und oft teure Methoden herangezogen werden müssen. Eine neue populäre Möglichkeit, diese Deletionen trotzdem zu detektieren,stellt die Verwendung der „Multiplex ligation dependent probe amplification“ aufgrund der leichteren Handhabung und der geringeren Kosten dar.

Zusammenfassung (Englisch)

Alpha thalassaemia is a frequent genetic disease and results from deletions in one or both HBA genes. In this thesis different biomolecular methods for DNA analysis are compared and their advantages and limitations discussed. Since there is no technique uniting high analytic specificity and sensitivity, strong- and weak points of each method have to be considered.

Current methods for the molecular diagnosis of alpha-thalassaemia include the allele specific and Gap-PCR, reverse dot blot hybridization and sequencing. Gap-PCR is commonly used for the detection of large deletions within the HBA locus. For smaller deletions or point mutations sequence analysis is the method of choice. Additional techniques including Southern blot, restriction fragment length polymorphism analysis, comparative genomic hybridization and fluorescent in situ hybridization are available to detect several forms of alpha thalassaemic mutations. However, it is still difficult to detect and define heterozygous deletions of complete exons within the HBA locus that can cause alpha-thalassaemia because these methods require additional resources and are time-consuming. Recently, a new technique, also referred to as multiplex ligation dependent probe amplification, increasingly becomes popular to indentify these deletions due to short hands on time and lower costs.