Titelaufnahme

Titel
Klassische und moderne Identifizierungsmethoden für Hefepilze auf Speziesebene
Weitere Titel
Classical and modern methods for identifying yeasts to species level
VerfasserHörhan, Gabriele
Betreuer / BetreuerinDürschmied, Bernhard
Erschienen2013
Datum der AbgabeJuni 2013
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Candida Spezies / Cryptococcus neoformans / Trichosporon sp. / BD CHROMagarTM Candida / Latex-Agglutinations-Test / Glabrata R.T.T. FUMOUZE ® / ID 32 C ® / ITS / MALDI TOF MS
Schlagwörter (EN)Candida species / Cryptococcus neoformans / Trichosporon sp. / BD CHROMagarTM Candida / Latex-Agglutinations-Test / Glabrata R.T.T. FUMOUZE ® / ID 32 C ® / ITS / MALDI TOF MS
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die klinisch relevanten Hefen Candida spp., Trichosporon spp., Rhodotorula spp., Saccharomyces cerevisiae, Magnusiomyces capitatus und Cryptococcus neoformans sind fakultativ pathogene und wichtige Erreger sowohl oberflächlicher Haut- und Schleimhautinfektionen als auch tiefer lebensbedrohlicher Organmykosen und Candidämien. Die Infektionen präsentieren sich in einem weiten Spektrum klinischer Manifestationen und sind abhängig von der jeweiligen Prädisposition und dem Grad der Immunsuppression der PatientInnen.

Die exakte Identifizierung der Hefepilze hat wegen der speziesspezifischen Resistenz gegenüber Antimykotika eine große Bedeutung für die Therapie.

In dieser Arbeit wurden bewährte phänotypische Identifizierungsmethoden aus dem Routinelabor mit dem modernen massenspektrometrischen Verfahren MALDI TOF MS der Firma Bruker Daltonik verglichen. Als Goldstandard diente die DNA-Sequenzierung anhand der ITS-2 Region.

Die Stichprobe umfasste 60 vorwiegend aus Blutkulturen isolierte Stämme, die 20 verschiedenen Spezies angehörten. Davon konnten 57 Isolate mit Hilfe des biochemischen Verfahrens ID 32 C ® der Firma bioMérieux und 53 Isolate mit der MALDI TOF MS eindeutig identifiziert werden. Drei Isolate konnten nur durch die DNA-Sequenzierung anhand der ITS Regionen exakt zugeordnet werden. Es handelte sich um zwei Vertreter der Spezies C. fabianii und einen C. sojae Stamm. Diese rezent beschriebenen Spezies sind zurzeit in den Datenbanken beider Systeme nicht enthalten.

Die MALDI TOF MS Technologie zeichnete sich durch ihre Benutzerfreundlichkeit, durch die geringere hands-on time, das Potenzial der Automatisierung und den kurzen Analysenzeiten aus. Es gab keine Fehlidentifizierungen. Die ieben nicht verwertbaren Ergebnisse bezogen sich auf Erreger, die selten als Ursache invasiver Infektionen beschrieben wurden. Da die Firma Bruker laufend an der Erweiterung der Datenbank arbeitet, ist eine Verbesserung in naher Zukunft zu erwarten. Der Vorteil gegenüber dem biochemischen Testsystem ID 32 C ® lag in der um 24 bis 48 Stunden kürzeren Identifizierungszeit. Das ID 32 C ® System überzeugte mit der zurzeit umfangreicheren Datenbank.

Eine Verkürzung der Diagnosezeit um ein bis zwei Tage im Vergleich zum ID 32 C ® konnte auch durch die Durchführung von phänotypischen Schnellmethoden erreicht werden. Dies gelang bei 27 Stämmen der Stichprobe durch den Einsatz des Selektivmediums BD CHROMagarTM Candida und der Anwendung verschiedener

Latex-Agglutinations-Tests wie ELITex Bicolor albi-dubli ®, BICHRO-DUBLI FUMOUZE ® und KRUSEI-COLOR FUMOUZE ® sowie des biochemischen Glabrata Rapid Trehalose Tests FUMOUZE ®. Diese Schnellmethoden ermöglichten in weniger als 30 Minuten die Identifizierung der Spezies C. albicans, C. dubliniensis, C. glabrata und C. krusei.

Zusammenfassung (Englisch)

The clinical relevant yeasts Candida spp., Trichosporon spp., Rhodotorula spp., Saccharomyces cerevisiae, Magnusiomyces capitatus and Cryptococcus neoformans are facultative pathogens. They can cause superficial skin and mucous membrane infections as well as lower life-threatening organ mycoses and candidemia. The infections are present in a wide spectrum of clinical manifestations. Furthermore these infections are depending on the predisposition and the degree of immunosuppression of patients.

The exact identification of yeasts is very importance for an adapted therapy because there are species-specific resistance to antifungal drugs.

The aim of this thesis was to compare the proven methods of phenotypic identification used in the routine laboratory with the newer method of mass spectrometry MALDI TOF MS (Bruker Daltonics). As goldstandard we used DNA sequencing based on the ITS-2 region.

The sample includes a total of 60 strains isolated mainly from blood cultures and belonging to 20 different species. Of the 60 strains, 57 isolates could be identified by the biochemical test ID 32 C ® (bioMérieux). With MALDI TOF MS, 53 of the 60 isolates could be accurately identified. Three isolates could only be identified by DNA sequencing based on the ITS-2 regions. These isolates were identified as two representatives of the species C. fabianii and one of the C. sojae strain. Both species have been scientifically described just recently and as such not included in the databases of both systems.

The MALDI TOF MS technology is distinguished by its ease of use, the much shorter hands-on time, the potential of automation and the short time of analysis. There were no misidentifications. Seven of the not usable results were pathogens are rarely described as a cause of invasive infections. The company Bruker is working constantly on expansion of the database, thus an improvement is expected in the near future. The advantage of MALDI TOF MS versus the biochemical test system ID 32 C ® lies in a considerably shorter identification time. The ID 32 C ® system convinces currently by the more extensive database.

By conducting phenotypic rapid methods a shortening of the time of diagnosis of one to two days compared to the

ID 32 C ® could also be accomplished. In 27 cases this was achieved by the use of the selective medium

BD CHROMagarTM Candida and the use of varous latex agglutination tests such as ELITex bicolor albi-dubli ®, BICHRO DUBLI FUMOUZE ® and KRUSEI-COLOR FUMOUZE ® and the biochemical Glabrata Rapid Trehalose Test FUMOUZE ®. These rapid methods allowed the identification of the species C. albicans, C. dubliniensis, C. glabrata and C. krusei in less than 30 minutes.