Titelaufnahme

Titel
Automatische Genotypisierung einer Short Tandem Repeat Triplex PCR Amplifikation
Weitere Titel
Automatic genotyping of short tandem repeat triplex PCR amplification
VerfasserMann, Anda Corina
GutachterBauer-Rupprecht, Susanne
Erschienen2013
Datum der AbgabeJuni 2013
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)ACTBP2 (SE33) / Allel / D8S1132 / D12S391 / GeneMapper ID / GeneScan / Genotyper / Genotypisierung / Kapillarelektrophorese / PCR / STR / Triplex-PCR
Schlagwörter (EN)ACTBP2 (SE33) / Allele / Capillary electrophoresis / D8S1132 / D12S391 / GeneMapper ID / GeneScan / Genotyper / Genotyping / PCR / STR / Triplex-PCR
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Genotypisierung von Short Tandem Repeat (STR)-Polymorphismen, die in der Literatur auch als Mikrosatelliten bezeichnet werden. Die STRs wurden 1991 unter dieser Terminologie eingeführt und sind eine variable Anordnung kurzer, sich wiederholender Sequenzen von ca. 2-6 bp Länge. STR-Polymorphismen sind hochpolymorphe DNA-Marker, die zur Analyse von DNA-Profilen bei verschiedenen Anwendungen vor allem zur Bestimmung der genetischen Identität, der Abstammung, in der Chimärismusanalyse und in der Tumorpathologie eingesetzt werden. Die STR-Analyse beruht auf der Kopplung von PCR-Amplifikation und darauffolgender Fragmentlängenbestimmung. In einer Multiplex-PCR können mehrere STR-Systeme gleichzeitig amplifiziert werden. Die PCR-Fragmente sind durch die Fluoreszenz der Primer markiert und werden meistens mit Hilfe der Kapillarelektrophorese aufgetrennt und über ein lichtempfindliches, elektronisches Bauelement, der sog. CCD Kamera nach Anregung durch einen Laser detektiert. Um die Genotypisierung von STRs durchzuführen, sind Allelleitern erforderlich, die als Referenzgrößen für jeden STR-Locus dienen und den jeweils gesamten Fragment-längenbereich abdecken. Mit einer speziellen, für diesen Zweck selbstkonfigurierten Software, werden diese grafisch dargestellt und ausgewertet. In dieser Arbeit wurde ein inhouse-Triplex STR-Amplifikationskit, mit dem die Loci ACTBP2 (SE33), D12S391 und D8S1132 analysiert werden können, ausgetestet. Dafür wurden Allelleitern und ein Triplex-Primermix hergestellt. Weiters wurde die GeneMapper ID Software konfiguriert und deren anwendungsspezifische Einstellungen anhand von 124 Proben etabliert und validiert.

Zusammenfassung (Englisch)

This work deals with the genotyping of short tandem repeat (STR) polymorphisms, which are also known as microsatellites. The STRs were introduced under this terminology in 1991 and are a variable arrangement of short, repetitive sequences of about 2-6 bp in length. STR polymorphisms are highly polymorphic DNA markers and they are used to analyse DNA profiles in various applications, for example genetic identity, ancestry, chimerism but also in tumor pathology. The STR analysis is based on the coupling of PCR amplification and fragment length determination. In a multiplex PCR, multiple STR systems can be amplified simultaneously. The PCR fragments are indicated by the fluorescence of the primer and are generally separated using the capillary electrophoresis and detected by a CCD camera after a laser excitation. In order to perform the genotyping of STRs, allelic ladders are required to serve as reference values for each STR locus and cover the entire fragment length range. With the appropriate software they are plotted and analysed. In this work an inhouse triplex STR amplification kit was tested, which is able to analyse the loci ACTBP2 (SE33), D8S1132 and D12S391. For that, allelic ladders were made and a triplex primermix was tested. Further the Gene Mapper ID software was configured and its application specific features were established and validated by using 124 samples.