Titelaufnahme

Titel
Alpha Thalassämie Diagnostik - Detektion von Deletionen im HBA Locus
Weitere Titel
Alpha Thalassaemia Diagnostics - Detection of deletions in the HBA locus
VerfasserSchuster, Linda
Betreuer / BetreuerinSeper, Helena
Erschienen2013
Datum der AbgabeJuni 2013
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Alpha Thalassämie / Direkte Sequenzierung / Gap-PCR / HBA1 / HBA2 / Hämoglobin / Multiplex ligation dependent probe amplification / Alpha Globin
Schlagwörter (EN)Alpha thalassaemia / Direct sequencing / GAP-PCR / HBA1 / HBA2 / Hemoglobin / Multiplex ligation dependent probe amplification / Alpha globin
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die Alpha Thalassämie zählt zu den am häufigsten genetisch verursachten Krankheiten und resultiert aus Deletionen in einem oder beiden HBA Genen. Diese befinden sich auf dem kurzen Arm des Chromosoms 16. Der Schweregrad dieser Krankheit ist abhängig von der Anzahl der inaktivierten oder deletierten HBA Gene oder deren regulatorischen Regionen. Da nur wenige schwere Formen der Alpha Thalassämie mittels Hämoglobin- Elektrophorese detektiert werden können, ist eine Aufdeckung der Alpha Thalassämie (besonders bei heterozygoten Trägern) meist nur durch DNA Analysen möglich

Zu den gängigen Methoden für die molekulare Aufklärung zählen die GAP-PCR und die direkte Sequenzierung. Eine potenzielle Alternative, Alpha Thalassämie zu detektieren, stellt die Verwendung der „Multiplex ligation dependent probe amplification“ (MLPA) aufgrund der leichteren Handhabung und der geringeren Kosten dar.

Ziel dieser Arbeit war es, Patienten, die Symptome einer Alpha Thalassämie aufweisen, aber im Mutationsscreening mittels GAP-PCR und/oder Sequenzierung unauffällig waren, mittels MLPA auszutesten, mit dem Ziel, seltenere Formen der Alpha Thalassämie nachzuweisen. Zusätzlich wurden Proben mit bekannten Deletionen ausgetestet, um herauszufinden, ob diese mittels MLPA erfasst werden können und MLPA somit als erstes Screeningverfahren in der Alpha Thalassämie Diagnostik eingesetzt werden kann. Die durchgeführten Experimente zeigen, dass MLPA sehr gut für die Detektion von Deletionen und damit als Screeningverfahren geeignet ist, positive Resultate jedoch mit GAP-PCR oder Sequenzierung bestätigt bzw. genauer definiert werden sollten.

Zusammenfassung (Englisch)

Alpha thalassaemia is one of the most frequently diagnosed genetic diseases, which results from deletions in one or both HBA genes, which are located on the short arm of chromosome 16. The severity of this disease is defined by the number of inactivated or deleted HBA genes or its regulatory regions. Although some severe forms of alpha thalassaemia can be detected via hemoglobin electrophoresis, DNA analysis of the HBA locus is mandatory to detect alpha thalassaemia traits.

Current methods for the molecular diagnosis of alpha thalassaemia include GAP-PCR or direct sequencing. Recently, a new technique, also referred to as multiplex ligation dependent probe amplification (MLPA), has gained popularity due to short hands on time and lower costs.

In this thesis patients, who clinically present with alpha thalassaemia symptoms but were negative in the mutation screening via GAP-PCR and/or sequence analysis, were investigated via MLPA aiming to find infrequent sequence variants causing alpha thalassaemia. Additionally, MLPA was performed with positive control samples to verify that the most frequent forms of alpha thalassaemia were detected and that MLPA could be used as first screening method in alpha thalassaemia diagnostics.

The results showed that MLPA not only detects common forms of alpha thalsassaemia but also infrequent deletions in the HBA locus. In conclusion, MLPA is suitable as a first screening technique but positive results require confirmation via GAP-PCR or direct sequencing.