Titelaufnahme

Titel
Visualisierung von RNA unter Verwendung des ViennaRNA Package
Weitere Titel
The illustration of RNA through dynamic programming Working with the ViennaRNA Package
VerfasserSchöbinger, Moritz
GutachterHeinzl, Rene ; Graf, Alexandra
Erschienen2014
Datum der AbgabeJuni 2014
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)ViennaRNA Package / Bracket Notation / RNAfold
Schlagwörter (EN)ViennaRNA Package / bracket notation / RNAfold
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die RNA und die Entdeckung ihrer bedeutsamen Funktionen im Organismus, waren der Grundstein für weitreichende Forschung im Bereich der Strukturvorhersage. Da die Struktur und die damit einhergehende Funktion unmittelbar zusammenhängen, verlangt es nach einer zuverlässigen und genauen Prognose des strukturellen Aufbaus, der Sequenz.

Der Bioinformatik gelingt es unter Verwendung von dynamischer Programmierung, eine simple Abfolge von Buchstaben zu einem dreidimensionalen Konstrukt aufzubauen. Diese Arbeit behandelt das ViennaRNA Package, und dessen Weg von der Sequenz, über die simplifizierte Darstellung als Bracket Notation, bis hin zur fertigen Struktur.

Um das ViennaRNA Package effektiv nutzen zu können, wird zusätzlich ein Programm vorgestellt, das mithilfe von Interprozesskommunikation die Datenströme wirksam lenkt.

Zusammenfassung (Englisch)

Since scientists have discovered the huge variety of functions of RNA within an organism, much effort was made to completely understand their effectiveness. As research showed, there is a straight correlation between the structure of RNA and its function. Therefore science focussed on the prediction of secondary structures based on a RNA sequence.

Bioinformatics and their dynamic programming illustrated some promising output. This thesis is about the ViennaRNA Package and its computation from the sequence, to a simplified visualisation as bracket notation, to the final secondary structure.

In order to use the package more effectively, I'm going to introduce a program that controls the internal data stream using inter-process communication.