Bibliographic Metadata

Title
Hidden Markov Model : GUI zum Einstellen von HMM-Parametern für DNA-Sequenzen, um CpG-Inseln detektieren zu können
Additional Titles
Hidden Markov Model (HMM) GUI for adjusting the HMM parameters for a DNA sequence to detect CpG islands
AuthorWeinbauer, Monika
Thesis advisorHeinzl, Rene ; Graf, Alexandra
Published2014
Date of SubmissionJune 2014
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)HMM (Hidden Markov Model) / GUI (graphical user interface) / CpG-Inseln / Parametereinstellung / Baum-Welch-Algorithmus
Keywords (EN)HMM (Hidden Markov Model) / GUI (graphical user interface) / CpG islands / parameter adjustment / Baum-Welch algorithm
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Ziel dieser Arbeit ist es, mittels Python ein GUI (graphical user interface) zu programmieren, der die Parameter unter Verwendung des Baum-Welch-Algorithmus, welcher aus der ghmm-Library eingebunden wird, der Sequenz anpasst. Beide Parametersetzungen, die willkürlich gesetzte sowie die berechnete werden mittels GUI visualisiert.

Abstract (English)

The aim is to create a graphical user interface (GUI) mask with python, which calculates the needed parameters related to the sequence by using the Baum-Welch algorithm which is integrated in the ghmm-Library.

Both parameter settings, the arbitrarily and the calculated one, are visualized with the use of GUI.