Titelaufnahme

Titel
Der Needleman Wunsch Algorithmus
Weitere Titel
The Needleman Wunsch Algorithm
VerfasserWieser, Elke
GutachterHeinzl, Rene ; Graf, Alexandra
Erschienen2014
Datum der AbgabeJuni 2014
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Needleman Wunsch Algorithmus / Python
Schlagwörter (EN)Needleman Wunsch Algorithm / Python
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Der Needleman - Wunsch Algorithmus ist einer der populärsten Algorithmen, welcher in der Bioinformatik Anwendung findet. Er wurde 1970 (Needleman & Wunsch 1970) publiziert und war die erste Algorithmus welcher unter der Methode der dynamischen Programmierung programmiert wurde. In vielen Publizierungen wurde dieser Algorithmus als Grundlage verwendet. Mit diesem Algorithmus kann man, sowohl übereinstimmungen von Proteinen, als auch von Desoxyribonukleinsäuren finden.

Der Hauptteil dieser Arbeit liegt im Finden von optimalen Alignements von zwei unterschiedlichen DNA Sequenzen. Die Parameter sind vorgegeben mit: : Match +3, Mismatch +1 and Gap -2 und werden auf Match +3, Mismatch +1, Gap +1 geändert.

Fünf Eingabeboxen werden in einem Fenster platziert und können mit den diversen Parametern befüllt warden. Des weiteren gibt es auch ein Ausgabefenster, welches das Best Match Alignment zeigen soll.

Das Programm wurde mit Python 3.3 geschrieben.

Zusammenfassung (Englisch)

The Needleman - Wunsch Algorithm is one of the most popular algorithm used in bioinformatics. It was the first application of dynamic programming published in 1970 (Needleman & Wunsch 1970). Modified algorithm provides a basis in several papers and journals, which has been written. With this algorithm you could also find the similarities in amino acid sequences as well as desoxyribonucleic acid (DNA) sequences.

Scope of the work in this task is to find the optimal alignments between two DNA sequences. The parameters for the alignments are given: Match +3, Mismatch +1 and Gap -2. The parameters will be converted in Match +3, Mismatch +1, Gap +1.

Five entry boxes are placed in a window and can be filled with the parameters mentioned above. There is an output box, which shows the best match alignment.

The programming modules based on Python 3.3.