Titelaufnahme

Titel
Entschlüsselung des Aufbaus und der Funktionsweise von Komponenten der Transkriptions-gekoppelten Nukleotidexzisionsreparatur (TC-NER)
Weitere Titel
Deciphering assembly and function of components in transcription coupled nucleotide excision repair (TC-NER)
VerfasserBaumgartner, Georg
Erschienen2014
Datum der AbgabeJuli 2014
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)TC-NER / E3-Ubiquitin Ligase Komplex / Transkriptions-gekoppelte Nukleotidexzisionsreparatur / CSA/DDB1 / CSB / RNA Polymerase Degradation
Schlagwörter (EN)TC-NER / E3-ubiquitin ligase complex / transcription coupled nucleotide excision repair / CSA/DDB1 / CSB / RNA polymerase degradation
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

DNA Schäden können sich - wenn diese unentdeckt bleiben - anhäufen, dadurch die Sta-bilität des Genoms gefährden und unter anderem zu verschiedenen, teils schwerwiegenden Krankheiten führen. Einer von mehreren Reparaturmechanismen, die dies verhindern, ist die transkriptionsgekoppelte Nukleotidexzisionsreparatur (TC-NER). Diese ist, wie bereits der Name impliziert, während der Gentranskription aktiv. Sobald die elongierende RNA Polymerase II (RNAPIIo) auf einen Schaden trifft, wird die Transkripti-on gestoppt. Mehrere Möglichkeiten existieren nun für ihr weiteres Schicksal, unter anderem eine Degradation durch das Proteasom. Der E3-Ubiquitin Ligase Komplex, unter anderem bestehend aus Cockayne Syndrom Protein A (CSA), DNA damage binding pro-tein (DDB1) und Cullin4A (Cul4A), ist möglicherweise an diesem Vorgang beteiligt. In der vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass eine Deletion im N-Terminus von CSA die Bindung zu den anderen Komplexproteinen DDB1 und Cul4A stark reduziert. Weiters konnte eine wesentliche Beeinflussung der Bindung zu einem weiteren im TC-NER Me-chanismus beteiligten Protein, nämlich dem Cockayne Syndrom Protein B (CSB), gezeigt werden, was auf eine Interaktion zwischen CSB und dem E3-Ubiquitin Ligase Komplex hindeutet. Eine anschließende in vitro Komplexbildung zwischen CSA/DDB1 und CSB für eine weitere Strukturanalyse scheiterte aus mehreren Gründen, obwohl ein optimiertes in vitro Protokoll für eine Reinigung des Proteins CSB etabliert werden konnte.

Zusammenfassung (Englisch)

DNA damages - if undetected - can accumulate and therefor endanger genome stability and cause various diseases. One repair mechanism that removes specifically DNA dam-ages in transcriptionally active regions is the so called transcription coupled nucleotide excision repair (TC-NER) mechanism. Elongating RNA polymerase II (RNAPIIo) senses DNA lesions and stalls at the site of damage. Thereafter, several possibilities for its fate exist such as degradation by the proteasome. The E3-ubiquitin ligase complex consisting amongst others of Cockayne syndrome protein A (CSA), DNA damage binding protein 1 (DDB1) and Cullin4A (Cul4A) is thought to be possibly involved in degradation of RNAPII. In this thesis, it could be shown that a deletion in the N-terminal part of CSA decreases binding of the other complex factors DDB1 and Cul4A. Furthermore, also reduced binding of another protein involved in TC-NER, namely Cockayne syndrome protein B (CSB) could be shown, therefor indicating an interaction of the protein with the E3-ubiquitin li-gase complex. However, an in vitro complex formation of CSA/DDB1 and CSB for further structure studies failed for various reasons, although an optimized in vitro protocol could be established for the purification of the CSB protein.