Titelaufnahme

Titel
Interaktionsstudien der Untereinheiten von XRN2-XTBD Komplexen
Weitere Titel
Interaction Studies of the Subunits of XRN2-XTBD Complexes
VerfasserMühl, Simon
Erschienen2014
Datum der AbgabeJuli 2014
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Exoribonuklease 2 / XRN2 / XTBD / XRN2-bindedomäne / XRN2 - XTBD Komplexe
Schlagwörter (EN)Exoribonuclease 2 / XRN2 / XTBD / XRN2 binding domain / XRN2 - XTBD complexes
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Die im Nukleus lokalisierte 5’3’ Exoribonuklease 2 (XRN2) ist ein Enzym, welches verschiedene RNA Substrate abbaut. In C. elegans wurde ein Komplex von PAXT-1 mit XRN2 entdeckt und festgestellt, dass PAXT-1 durch eine spezifische XRN2-Bindedomäne (XTBD) an XRN2 bindet. Die Bindung von PAXT-1 stabilisiert XRN2 und erhöht dessen Aktivität als Exoribonuklease. Durch die Pfam-Domänensuche wurde entdeckt, dass XTBDs in Eukaryoten konserviert sind. In dieser Arbeit wurde versucht die Konservierung der Bindung zwischen XTBD-enthaltenden Proteinen mit XRN2 zu untersuchen. Dies wurde durch ein duales Expressionssystem mit anschließender Affinitätschromatographie erreicht. Die Ergebnisse zeigen, dass D. rerio und C. elegans XRN2 mit fast allen getesteten XTBD-enthaltenden Proteinen einen Komplex bilden. H. sapiens XRN2 wiederum bindet sehr selektiv XTBD-enthaltende Proteine. Keine Aussage kann für T. thermophila XRN2 getroffenen werden, weil hierfür E. coli nicht das geeignete Expressionssystem ist. Diese Arbeit zeigt, dass XTBD grundsätzlich in der Lage ist an XRN2 zu binden. Der Grund warum H. sapiens XRN2 nur selektiv XTBD-enthaltende Proteine bindet sowie der Einfluss verschiedener XTBD-enthaltenden Proteine auf die Substratspezifität und folglich die Funktion von XRN2 muss noch erforscht werden.

Zusammenfassung (Englisch)

The nuclear 5’3’ exoribonuclease 2 (XRN2) is an enzyme that degrades various RNAs. A complex of PAXT-1 and XRN2 was observed in C. elegans, in which PAXT-1 binds to XRN2 through XRN2 binding domain (XTBD). This domain can link different proteins to XRN2. The XTBD-containing protein PAXT-1 of C. elegans stabilizes XRN2 and increases its exoribonuclease activity. With Pfam domain search it was discovered that XTBDs are conserved in eukaryotes. In this project I investigated the conservation of XTBD binding to XRN2. This was achieved with a dual expression system coupled to affinity chromatography purification. The results show that the XRN2s of D. rerio and C. elegans interact with most of the tested XTBD-containing proteins. H. sapiens XRN2 only binds to particular XTBD-containing proteins. No conclusion can be drawn for T. thermophila XRN2 because of poor expression in E. coli. I conclude that XTBD is a conserved scaffold to bind XRN2. The reason why H. sapiens XRN2 binds selectively to XTBD-containing proteins and whether different XTBD-containing proteins influence the target specificity of XRN2 remains to be explored.