Bibliographic Metadata

Title
Analyse von Algorithmen die offene Leserahmen in einer DNA Sequenz finden
Additional Titles
Analysis of Open Reading Frame Algorithms
AuthorNiessner, Eva
Thesis advisorHeinzl, Rene ; Graf, Alexandra
Published2015
Date of SubmissionJune 2015
LanguageEnglish
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Open Reading Frame / DNA Sequence / Startcodon / Stopcodon / Python
Keywords (EN)Open Reading Frame / DNA Sequence / Start codon / Stop codon / Python
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Um Gene und ihre Funktion in der DNA Sequenz zu finden wird die Sequenz nach Open Reading Frames abgesucht. Der Open Reading Frame ist ein Stück DNA, welches von einem Start- und Stopcodon flankiert wird und dann in die Protein Sequenz übersetzt werden kann. Eine wichtige Aufgabe der Bioinformatik ist es diese DNA-Abschnitte zu finden.

Open Reading Frame Finder sind online als Hilfsprogramme schon verfügbar. Biopython, ein Zusatzmodul von Python wurde speziell für die Bearbeitung von biologischen Daten entwickelt. Die in diesen Programmen eingesetzten Algorithmen werden in dieser Arbeit genauer betrachtet.

Das Programm ist in Python geschrieben, die DNA Sequenz wird im FASTA Format geladen. Nachdem die Open Reading Frames lokalisiert sind können die einzelnen Frames, die Positionen der Start- und Stopcodons und die Länge der Frames ausgegeben werden.

Abstract (English)

Detecting open reading frames is the way to define genes and their function. It is done by programs which traverse the DNA sequence looking for a start codon and a stop codon. Once the open reading frame is known the DNA sequence can be translated into its corresponding amino acid sequence.

Open Reading Frame Finder are available at the internet. Biopython has its modules and methods for working on sequences. My work described here explains the program and how these tools are working in detail.

Written in Python programming language the program is given a DNA sequence as a FASTA file. After scanning for open reading frames the output includes all frames with positions of start and stop codons and the length of the genes.