Titelaufnahme

Titel
Neukultivierung, Konservierung und Archivierung von 100 Innenraumpilzen sowie die Etablierung der molekularbiologischen Untersuchungen
Weitere Titel
Recultivation, Conservation and Archiving of 100 Mold Fungi from Interior Spaces and the Establishment of Molecular Biological Investigations
AutorInnenMayer, Alexander
Erschienen2016
Datum der AbgabeSeptember 2016
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Mikrobiologie/Molekularbiologie/Mykologie/PCR/Sequenzierung
Schlagwörter (EN)Mikrobiology/Molecular Biology/Mykology/PCR/Sequencing
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Schimmelpilze, auch als Mikromyzeten bezeichnet, sind weltweit verbreitete eukaryontische Mikroorganismen. Es wird gemutmaßt, dass es über eine Million verschiedener Arten gibt, von denen bislang lediglich nur 150.000 identifiziert sind. Weil es diverse Arten gibt, die beim Menschen zu verschiedenen gesundheitlichen Problemen führen können (z.B. Allergien, Infektionen, Atemproblemen sowie Asthma), ist es notwendig die Krankheitserreger zu identifizieren. Viele Mikromyzeten können bereits anhand von mikroskopischen Untersuchungen identifiziert werden, oftmals jedoch reichen die mikroskopischen Methoden nicht mehr aus, um einen unbekannten Schimmelpilz exakt zu bestimmen. Um einen Mikromyzeten aus einer Probe zu identifizieren, muss dieser zunächst isoliert werden und in einer Reinkultur angesetzt werden.

Der Fokus dieser Arbeit liegt darauf eine große Zahl verschiedener Schimmelpilze in Reinkultur zu ziehen, um anschließend ihre Gattung und Art anhand von molekularbiologischen Methoden festzustellen. Zu diesem Zweck wurden die ITS1- und ITS2-Regionen sowie die dazwischen befindliche 5.8S rDNA der Mikromyzeten mit dem Primerpaar ITS1/ITS4 mittels PCR amplifiziert. Das Produkt wurde an ein Sequenzierungslabor geschickt, um am Folgetag die Sequenz des Amplifikats zu erhalten. Die Sequenz konnte nun mit den bereits bekannten Schimmelpilzen aus den Datenbanken verglichen werden. Anhand dieser BLAST-Suchen konnten die amplifizierten Regionen einer Art zugewiesen werden. Anschließend konnten Proben der bestimmten Mikromyzeten eingefroren werden. Zusätzlich wurde mit den Daten und Informationen zu den einzelnen Schimmelpilzen eine SQL-Datenbank in Microsoft Access angelegt. Im Rahmen des Praktikums musste ebenfalls eine SOP verfasst werden, um die Reproduzierbarkeit der molekularbiologischen Untersuchungen zu gewährleisten und spätere Arbeiten zu ermöglichen.

Zusammenfassung (Englisch)

Molds also known as micromycetes are a worldwide common eukaryotic microorganism. It is speculated that more than a million different species exist. Until now only about 150.000 have been identified. Since there are diverse species that cause variable health issues when interacting with the human body, (for example allergies, infections, breathing problems and asthma) it becomes essential to identify the pathogens. Many micromycetes can be specified after a microscopic examination, but often the conventional microscopic investigations aren’t precise enough to accurately identify an unknown fungus.

The main aim of this study is to cultivate a large number of different mold species in a pure culture to specify their genus and species based on a molecular biological investigation. Therefore the ITS1- and ITS2-regions as well as the in-between located 5.8S rDNA of those micromycetes have been amplified with a PCR by using the two primers ITS1 and ITS4. The product has been sent at a laboratory specialised on sequencing. The next day the received sequence has been compared to the already existing sequences in the worldwide database using BLAST. Most of the cultivated fungi could be identified through this investigation of their ITS-regions. Afterwards new probes from the sequenced molds were frozen and archived. Additionally the obtained data and information have been saved in an SQL-database. Also part of the internship was to write an SOP to ensure the reproducibility of the different molecular biological investigations and to facilitate any later works.

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