Bibliographic Metadata

Title
Vergleich von Clostridium difficile Ribotyp 027 mittels core genome Multi-Locus Sequence Typing (cgMLST)
Additional Titles
Comparison of Clostridium difficile ribotype 027 using core genome Multi-locus sequence typing (cgMLST)
AuthorJani, Claudia
Thesis advisorDürschmied, Bernhard
Published2016
Date of SubmissionJune 2016
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Whole Genome Sequencing / Ausbruchsaufklärung / Velvet de novo assembly
Keywords (EN)Whole Genome Sequencing / Outbreak declaration / Velvet de novo assembly
Restriction-Information
 _
Classification
Abstract (German)

Clostridium difficile ist das am häufigsten identifizierte Bakterium bei nosokomial erworbener Diarrhö. Der hypervirulente Stamm Ribotyp 027 wird im Gegensatz zu anderen Ribotypen mit schwerwiegenderen Krankheitsverläufen und einer höheren Mortalitätsrate in Verbindung gebracht. Für eine bessere Ausbruchsaufklärung haben wir versucht, ein cgMLST Schema für Whole-Genome Sequencing für Clostridium difficile zu definieren, ebenso um das Wissen über Diversität und Mutationen vor allem für den hypervirulenten Ribotyp 027 zu erweitern. Es wurden 42 Ribotyp 027 Isolate sequenziert und mittels Velvet de novo assembly verarbeitet. Obwohl anhand der minimum spanning trees Clusterbildungen erkennbar sind stellte sich heraus, dass Auswertung und Interpretation der Daten der vorliegenden Studie von der Wahl der Query- und der Referenzgenome und somit vom Aufbau des core Genomes abhängig ist. Die aufgestellte Hypothese, das Vorhandensein eines deutlichen Unterschieds im Genom verschiedener Ribotyp 027 Ausbrüche bzw. die Ähnlichkeit innerhalb eines Ausbruches, wurde somit nicht bestätigt, jedoch auch nicht wiederlegt, da es mithilfe dieser Methode zu keinen aussagekräftigen Ergebnissen kam.

Abstract (English)

Clostridium difficile is the most frequently identified bacteria at hospital-acquired diarrhoea. The hypervirulent strain ribotype 027 is associated with severe course of disease and a higher mortality rate than other ribotypes. For better outbreak declaration we tried to develop a cgMLST scheme for whole-genome sequencing for Clostridium difficile, also for upgrading knowledge about diversity and mutation especially for ribotype 027. A total of 42 ribotype 027 isolates were sequenced and converted with velvet de novo assembly. Although there where clusters visible with minimum spanning trees, it was shown that data evaluation and interpretation of this study are controlled by the selection of query- and reference-genomes and consequently by the structure of the core genome. The hypothesis, the existence of explicit differences in the genome of different ribotype 027 outbreaks or the similarity inside an outbreak, is not confirmed but also not disproved, because of non-significant results on the basis of this method.