Titelaufnahme

Titel
Erstellung einer Java Applikation zur graphischen Visualisierung von RNA Sekundärstrukturen basierend auf der Dot Bracket Notation
Weitere Titel
Implementation of a Java application for graphical visualization of RNA secondary structures based on the dot bracket notation
VerfasserHeiser, Franz Albert
Betreuer / BetreuerinKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)dot bracket notation / Sekundärstruktur / RNA Visualisierung / Java
Schlagwörter (EN)dot bracket notation / secondary structure / RNA visualisation / Java
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Im Zuge der Bachelorarbeit II wurde die Visualisierung von Sekundärstrukturen von RNA’s mit Java umgesetzt. Die RNA wird für die Umsetzung sowie Replikation von Proteinen benötigt. Daher ist es notwendig die Struktur der RNA besser verstehen zu können. Die Primärstruktur ist eine Sequenz aus Basen. Die Sekundärstruktur kann daraus erzeugt werden. Es wird ein Algorithmus verwendet um einen Psydocode, die Dot-Bracket Notation, zu parsen und daraus die Sekundärstruktur grafisch darzustellen. Es können Sequenzen ausgewählt werden und diese angezeigt werden.

Zusammenfassung (Englisch)

Aim of this bachelor thesis II is to develop a visualisation for RNA secondary structures in Java. The RNA is needed for replication of proteins. For that it is a must to get a better understanding of the structure of RNA. The sequence of nucleotides is the primary structure of the RNA. With the primary structure the secondary structure can be created. There are many different algorithms to generate a psydocode. For this thesis the dot bracket notation is used. The notation will be parsed to generate an image of the secondary structure. A Dot Bracket Sequence is entered by the user and the application generates the image of the structure.