Titelaufnahme

Titel
Das Erstellen eines globalen Alignments mit Hilfe des Needleman-Wunsch Algorithmus: Implementierung in Java
Weitere Titel
Producing a Global Alignment Using the Needleman-Wunsch Algorithm: Implementation in Java
VerfasserErnst, Karina
GutachterKlima, Robert ; Graf, Alexandra
Erschienen2012
Datum der AbgabeJuni 2012
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Paarweises Sequenzalignment / Globales und lokales Alignment / Needleman-Wunsch Algorithmus / Java / Grafische Benutzeroberfläche
Schlagwörter (EN)Pairwise Sequence Alignment / Global and Local Alignment / Needleman-Wunsch Algorithms / Java / GUI (Graphical User Interface)
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

In dieser Arbeit werden die theoretischen Grundlagen des paarweisen Sequenzalignments beleuchtet und drei Methoden für dessen Umsetzung beschrieben: die Dot Matrix Analyse, das Dynamische Programmieren und die k-Tuple Methode.

Außerdem wird eine Möglichkeit der Implementierung des Needleman-Wunsch Algorithmus in Java vorgestellt, bei der eine schlichte grafische Benutzeroberfläche für die einfache Eingabe zweier Sequenzen erstellt wird.

Zusammenfassung (Englisch)

This work gives a short overview about the pairwise sequence alignment of DNA or protein sequences by explaining three possible methods for the performance of such an alignment: dot matrix analysis, dynamic programming algorithm and k-tuple methods.

Furthermore, it is described, how the Needleman-Wunsch algorithm can be implemented in Java, when a graphical user interface (GUI) is required.