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Title
Genetische Analyse von DNA Reparatur und Chromatindynamik in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana
Additional Titles
Genetic analysis of DNA repair and chromatin remodelling in the model plant Arabidopsis thaliana
AuthorLoibl, Katrin
Published2014
Date of SubmissionJuly 2014
LanguageEnglish
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)DNA Reparatur / Doppelstrangbruchreparatur / Histonchaperone / True Leaves Assay / Arabidopsis thaliana
Keywords (EN)DNA repair / Double-strand break repair / histone chaperones / True Leaves Assay / Arabidopsis thaliana
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Das Genom ist im Zellkern in einer hoch geordneten Struktur vorhanden, die bekanntlich den Stoffwechsel der DNA durch Regulierung der Zugänglichkeit für Enzyme beeinflusst. Die Histone, die an die DNA binden, um sie als Nukleosomen zu ordnen, sind einer der wichtigsten Bestandteile in der Feinabstimmung der Chromatinverdichtung, da ihre Affinität durch posttranslationale Modifikationen oder durch Austausch von Histonvarianten angepasst werden kann. Im Falle einer Beschädigung der DNA ist Zugang zur Läsion nötig, um Reperaturproteinen die Möglichkeit zu geben, die Integrität des Genoms wiederherzustellen. Deshalb sind Histonchaperone, die den Austausch der Haupthistone mit Histonvarianten bewirken, vermutlich essentiell für die Regulierung der DNA Struktur während des Reparaturprozesses. Einige der wichtigsten H3.3 Histonchaperon-Komplexe in Arabidopsis thaliana sind: Chromatin Assembly Factor 1 (CAF-1), Anti-Silencing Function 1 (ASF1) und Histone Regulatory Homolog A (HIRA). In dieser Arbeit wurde ein “True Leaves Assay” verwendet, um die Effizienz der DNA Reparatur in Mutanten dieser Histonchaperone zu ermitteln. Das Ziel der Arbeit ist es, Einsicht in die Beteiligung der Histonchaperone an der DNA Reparatur zu gewinnen und eine Basis für zukünftige Untersuchungen zu schaffen.

Abstract (English)

The genome is present in the nucleus in a highly organized structure which is known to affect the DNA metabolism by modulating the accessibility to enzymes. The histone proteins that bind to DNA, organizing it into nucleosomes, are one of the major players in finely tuning the level of chromatin compaction as their affinity can be modulated by post-translational modification or by exchange with variants. In case of DNA damage, accessibility to the lesion site is needed to allow repair proteins to restore the genome integrity. Therefore, histone chaperones, which mediate the replacement of core histones with variants, are supposed to be essential for the regulation of the DNA structure during the repair process. Some of the most important histone H3.3 chaperone complexes in Arabidopsis thaliana are: Chromatin Assembly Factor 1 (CAF-1), Anti-Silencing Function 1 (ASF1) and Histone Regulatory Homolog A (HIRA). In this thesis the “True Leaves Assay” was used to determine the efficiency of DNA repair in mutants lacking these histone chaperones. The aim of this work is to get an insight into the involvement of the histone chaperones in DNA repair, to provide a basis for further investigations.