Titelaufnahme

Titel
Die Auswirkung auf Peptid Detektion von ESI-MS durch die Verwendung von alternativen Hochleistungsflüssigkeitschromatographie Lösungsmittel Systemen
Weitere Titel
The effect on peptide detection by ESI-MS using alternative high performance liquid chromatography solvent systems
VerfasserStaller, Nico Alexander
Erschienen2014
Datum der AbgabeJuli 2014
SpracheEnglisch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Massenspektrometrie / Analytische Chemie / HPLC / Proteomik / Proteine / Peptide / Trypsin / Peptid Trennung / 2D HPLC / On-line HPLC / Off-line HPLC / Organische Loesungsmittel / Acetonitril / Methanol / Isopropanol
Schlagwörter (EN)mass spectrometry / analytical chemistry / HPLC / proteomics / proteins / peptides / trypsin / peptide separation / 2D HPLC / On-line HPLC / Off-line HPLC / organic solvents / acetonitrile / methanol / isopropanol
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Umkehrphasen-Hochleistungsflüssigkeitschromatographie gekoppelt durch nano Elektrospray-Ionisation an Tandem Massenspektrometrie (RP-HPLC-ESI-MSMS) ist eine weit verbreitete Methode im Gebiet der Proteomik, um auf schnelle Art und Weise das Proteom einer biologischen Probe zu analysieren. Im „Bottom-Up“ Ansatz werden Proteine mit der Protease Trypsin verdaut und als Peptid-Fragmente analysiert, um Peptide (und folglich Proteine) durch Abstimmen der generierten Daten mit einer Proteindatenbank zu identifizieren. Proteomische Analysen hängen nicht nur vom verwendeten Instrument Typ ab, sondern auch von der Fähigkeit des chromatographischen Systems, effizient, verschiedene Peptidtypen auf einer Zeitskala zu trennen. Dabei ist besonders die Wahl der Komponenten von stationärer und mobiler Phase wichtig und hat direkten Einfluss auf die Leistung des Systems. Im Allgemeinen wird ein ansteigender prozentueller Anteil eines organischen Lösungsmittels in der mobilen Phase verwendet, um Peptide vom Säulenmaterial zu lösen. Am häufigsten wird dabei Acetonitril aufgrund seiner vorteilhaften Eigenschaften verwendet. Trotzdem zeigen Alternativen wie Methanol ausgezeichnete Ergebnisse. In diesem Projekt wird die Anwendung eines neuen Systems, bestehend aus Methanol/Isopropanol/Wasser, evaluiert und mit den „klassischeren“ Lösungsmittel-Systemen verglichen.

Zusammenfassung (Englisch)

Reversed phase high performance liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry via nano electrospray ionisation (RP-HPLC-ESI-MSMS) is widely used in the fields of proteomics to rapidly analyse the proteome of a given biological sample. In the ‘bottom-up’ approach, proteins are most commonly digested with the protease trypsin. The resultant peptide fragments are analysed to identify peptides (and subsequently the corresponding proteins) by matching the generated data to a protein database. In general, the analysis depends not only on the used instrument type but also on the ability of the chromatographic system to efficiently separate different peptides on a time scale prior to MS analysis. Here, the choice of stationary- and mobile phase components has a direct influence on the performance of the LCMS system. Usually, an increasing percentage of organic solvent in the mobile phase is used to elute peptides off the stationary column material. The most commonly used organic solvent is acetonitrile, due to its LC compatible properties. Nevertheless, alternatives like methanol/water have been demonstrated to show a superior performance in LCMS-based proteomics. In this study, the applicability of a new solvent system, consisting of a methanol/isopropanol/water mixture, has been investigated to evaluate the LCMS performance in comparison to the “more” classic solvent systems.