Titelaufnahme

Titel
Vergleich des NucliSENS easyMAG Systems mit dem QIAamp Viral RNA Mini Kit im Rahmen des Nachweises von Noroviren in Tiefkühlbeeren
Weitere Titel
Comparison of the NucliSENS easyMAG System and the QIAamp Viral RNA Mini Kit for the detection of Noroviruses in frozen berries
VerfasserHanser, Melanie
GutachterStefanik, Veronika
Erschienen2017
Datum der AbgabeJuni 2017
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)ISO/TS 15216 / Norovirus / RNA-Extraktion / NucliSENS easyMAG / QIAamp Viral RNA Mini Kit
Schlagwörter (EN)ISO/TS 15216 / Norovirus / RNA extraction / NucliSENS easyMAG / QIAamp Viral RNA Mini Kit
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Hintergrund: Norovirus (NoV) stellt als häufigster Erreger von Gastroenteritis eine große Gefahr für die Gesundheit der Menschen dar. In den vergangenen Jahren wurden Gastroenteritis-Ausbrüche häufig auf mit NoV kontaminierte Erdbeeren, Himbeeren und tiefgekühlte Beerenmischungen zurückgeführt. Zur Vermeidung einer Verbreitung der Erkrankung in der Gesellschaft sind zuverlässige Methoden zum Nachweis von Viren in Lebensmitteln daher unerlässlich. Zu diesem Zweck wurde von der Internationalen Organisation für Normung ein Protokoll zum Nachweis von NoV in verschiedenen Nahrungsmitteln, welches drei aufeinander folgende Schritte umfasst, entwickelt. Das Verfahren gliedert sich in die Ablösung/Extraktion der Viren von/aus den zu untersuchenden Lebensmitteln, die Konzentration der Viren und die Extraktion der Virus-RNA mit nachfolgender Detektion mittels real-time RT PCR. Da zur Gewährleistung zuverlässiger Analyseergebnisse die Gewinnung hochreiner Virus-RNA nötig ist, stellt ihre Extraktion einen kritischen Schritt im Nachweisverfahren von NoV dar. Diese Arbeit beschäftigt sich daher mit dem Vergleich des NucliSENS easyMAG Systems mit QIAamp Viral RNA Mini Kit zur Extraktion der RNA von NoV.

Ziel: Im Rahmen dieser Arbeit sollte ein Vergleich des NucliSENS easyMAG Systems mit dem QIAamp Viral RNA Mini Kit hinsichtlich der durch ihre Verwendung erzielbaren Ct-Werte bei dem Nachweis von NoV in Tiefkühlbeeren erzielt werden.

Methoden: Zum Vergleich der beiden RNA-Extraktions-Systeme wurde die RNA aus Noroviren der Genogruppen I und II aus reinem Virusmaterial und aus von nach dem Protokoll nach ISO/TS 15216 abgelösten Viren von Tiefkühlbeeren extrahiert. Die Extraktion der RNA von NoV erfolgte automatisiert mit dem NucliSENS easyMAG System und manuell mit dem QIAamp Viral RNA Mini Kit. Der Nachweis der RNA erfolgte mittels real-time RT PCR.

Ergebnis/Schlussfolgerung: Bei dem Vergleich der automatisierten Extraktion der RNA von NoV mittels dem NucliSENS easyMAG System mit der manuellen RNA-Extraktion mittels dem QIAamp Viral RNA Mini Kit wurde ein signifikanter statistischer Unterschied zwischen den mit beiden Extraktion-Systemen erzielten Ergebnissen sichtbar. Eine klinische Relevanz dieser Unterschiede konnte im Rahmen dieser Arbeit jedoch nicht nachgewiesen werden.

Zusammenfassung (Englisch)

Background: Norovirus (NoV) is the most common cause of Gastroenteritis in humans. In recent years Gastroenteritis outbreaks have often been associated with the comsumption of strawberries, raspberries and frozen berries that were contaminated with NoV. In order to prevent the spread of the disease in society, reliable methods for the detection of viruses in food are essential. For this puprose the International Organization for Standardization has published a protocol for the detection of NoV in various foodstuffs, which consists of three steps, which are: (1) extraction of the viruses from the food to be examined, (2) concentration of the viruses and (3) extraction of the viral RNA and subsequent detection real-time RT PCR. Since the extraction of high-purity viral RNA is necessary to ensure reliable results, its extraction is a critical step in the detection method of NoV. This work deals with the comparison of the NucliSENS easyMAG system with the QIAamp Viral RNA Mini Kit for the extraction of RNA from NoV.

Aim: In this work, a comparison of the NucliSENS easyMAG system with the QIAamp viral RNA mini kit should be obtained with regard to the Ct values that can be achieved by their use in the detection of NoV in frozen berries.

Methods: For the comparison of the two RNA extraction systems, the RNA was extracted from pure viral material of NoV of the genotypes I and II and from viruses from frozen berries, which had been eluted according to the protocol of ISO/TS 15216. The RNA extraction from NoV was done automated with the NucliSENS easyMAG system and manually with the QIAamp Viral RNA Mini Kit. The RNA was detected by real-time RT PCR.

Results/Conclusion: NucliSENS easyMAG system and the manual RNA extraction using the QIAamp viral RNA mini kit, a significant statistical difference was found between the results obtained with both extraction systems. However, no clinical relevance of these differences could be demonstrated in this work.