Titelaufnahme

Titel
Phylogenetische Bäume
Weitere Titel
Phylogenetic trees
VerfasserVasicek, Bianca
GutachterNuzzo, Angelo ; Graf, Alexandra
Erschienen2017
Datum der AbgabeJuni 2017
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Äste / Wurzeln / Vorfahre / Außengruppe / phylogenetischer Baum / horizontaler Gentransfer / Kladogramm / Phylogram / distanzbasierte Methoden / diskrete Methoden / Fasta Datei / aln Datei / dnd Datei / Phylo.xml / ClustalW / Biopython / Tkinter / Paarweises Sequenz-Alignment / Multiples Sequenz-Alignment
Schlagwörter (EN)branch / root / node / ancestor / outgroup / phylogenetic tree / horizontal gene transfer / Cladogram / Phylogram / distance based methods / discrete methods / fasta file / aln file / dnd file / Phylo.xml / ClustalW / Biopython / Tkinter / Paiwise sequence alignment / Multiple sequence alignment
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Diese Arbeit behandelt das Thema phylogenetische Stammbäume. Hierfür werden die Arten an phylogenetischen Bäumen und deren Unterschiede erläutert. Des Weiteren werden die Wege zur Berechnung dieser speziellen Diagramme aufgelistet und wie man sie auf Basis dieser selbst erzeugen kann. Da es heutzutage durch die verwendung an großen Datenmengen nicht mehr möglich ist diese per Hand zu erstellen wird ein Einblick in das Programmieren solcher Diagramme über die Programmiersprache Python gegeben. Damit wurde ein relativ einfach gehaltenes Programm erstellt welches dem Benutzer auf einfache Weise einen phylogenetischen Baum aus seinen Daten in Form eines Fasta-Files erstellen lässt. Nachdem das Diagramm erstellt wurde kann der Benutzer seine Ergebnisse in 4 verschiedenen Dateien wiederfinden

Zusammenfassung (Englisch)

This thesis deals with the topic of phylogenetic trees. There are four different types of trees and their differences are mentioned. Further than this the ways how this special diagrams can be calculated are mentioned and how you can create a tree based on these results.

Nowadays it is nearly impossible to create such diagrams by hand, due to the big amount of data used in most scientific applications. Therefore an example of how to implement a program that calculates a tree based on the usage of python is described. This program is an easy way for the user to create a phylogenetic tree out of fasta files which are available on the internet. After the diagram is drawn the user has the option to create the different output files containing the results of the calculation, ready to be used for biological interpretation.