Titelaufnahme

Titel
Konvertierung eines GFF-files in ein GB oder EMBL file
Weitere Titel
Convert a GFF-file into GB or EMBL-file
VerfasserWitek, Martin
GutachterNuzzo, Angelo ; Graf, Alexandra
Erschienen2017
Datum der AbgabeJuni 2017
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)GFF / EMBL / GB / Fasta / Konvertierung GFF in GB / Konvertierung GFF in EMBL
Schlagwörter (EN)GFF / EMBL / GB / Fasta / Convert GFF to GB / Convert GFF to EMBL
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

GFF oder generic feature format datei ist ein wichtiges Dateiformat in der Bioinformatik. Diese Dateien speichern Informationen aus einer Organismus-DNA-Sequenz, z.B. Codierende Sequenzen (CDS), Exons, ... aber es ist schwer für einen Menschen, diese massiven Daten in diesen Dateien zu lesen. Daher ist es notwendig, GFF-Dateien in ein menschenlesbares Format wie GB (Genbankformat) oder EMBL (Europäisches Molekularbiologie-Labor-Format) umzuwandeln. Diese beiden Formate repräsentieren Daten in einer strukturierten Form, wobei jede Funktion eine eigene Tabelle hat, wo Informationen leicht gelesen werden können. Diese Arbeit erklärt diese drei Formate im Detail und zeigt auch ein Programm, das erstellt wurde, um eine GFF-Datei in eine GB- oder EMBL-Datei umzuwandeln. Für eine einfachere Benutzerhandhabung wurde auch eine Benutzeroberfläche erstellt.

Zusammenfassung (Englisch)

GFF or the generic feature format file is an important file format in bioinformatics. These files store information from an organism DNA sequence e.g. coding sequence (CDS), exons, … but it is hard for a human being to read this massive data stored in these files. Therefore, it is necessary to convert GFF files into a human readable format such as GB (gene bank format) or EMBL (European molecular biology laboratory format). These two formats represent data in a structured form where each feature has his own table where information can be easily read. This work explains these three formats in detail an also shows a program which was created to convert an GFF file into a GB or EMBL file. For easier user handling a user interface was also created.