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Title
Aussagen über die Resistenz von Escherichia coli mittels Gesamtgenomsequenzierung
Additional Titles
Statements about the resistance of Escherichia coli by whole genome sequencing
AuthorLoidl, Christiane
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Escherichia coli / Resistenz / Resistenzgene / Whole Genome Sequencing
Keywords (EN)Escherichia coli / resistance / resistance genes / whole Genome Sequencing
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Escherichia coli (E. coli) sind Erreger von einer Vielzahl an Infektionen, die vorrangig durch Antibiotika behandelt werden. Die häufige Verwendung von Antibiotika führt zur gesteigerten Prävalenz von resistenten Bakterien. Die weltweite Zunahme der Resistenzbildung bei E. coli stellt ein ernstzunehmendes Problem dar. Ein neuer Ansatz für die Resistenzbestimmung entwickelt sich auf molekularer Ebene. Dieser beruht auf der Analyse von Genomsequenzierungen. Eine Methode, die in diesem Zusammenhang immer häufiger Verwendung findet, ist die Gesamtgenomsequenzierung oder Whole Genome Sequencing (WGS). Es existiert bereits eine Vielzahl bekannter Resistenzgene. Diese können sowohl im Genom als auch auf mobilen Elementen wie beispielsweise Plasmiden lokalisiert sein. WGS kann dazu verwendet werden, um sowohl deren Erwerb und Übertragung als auch Ansteckungswege zu untersuchen.

Mit Whole Genome Sequencing kann die gesamte DNA einer Zelle analysiert werden. Ein wichtiger Anwendungsbereich für WGS ist die Erforschung der Biologie und Epidemiologie von Krankheitserregern wie E. coli, inklusive ihrer molekularen Merkmale und Eigenschaften. Neben der Gegenüberstellung von Genomen kann ebenso die Vielfalt mobiler Elemente mittels WGS festgestellt werden.

Die Gesamtgenomsequenzierung ist ein junges Verfahren, das in der Mikrobiologie im klinischen Bereich noch nicht lange Verwendung findet. WGS wird mit großer Wahrscheinlichkeit in den nächsten Jahren einen wichtigen Platz in der Routinediagnostik und Detektion von E. coli einnehmen.

Abstract (English)

Escherichia coli (E. coli) are the pathogenic germs of a wide range of infections, which are primarily treated with antibiotics. The frequent use of antibiotics leads to an increased prevalence of resistant bacteria. The worldwide increase in formation of resistance of E. coli illustrates a serious problem. A new approach for the determination of resistance develops at the molecular level. This is based on the analysis of genome sequencing. One method which is used more often in this context is whole genome sequencing (WGS). A great number of resistance genes are already in existence. These can be located on the genome or on mobile elements such as plasmids. WGS can be used to investigate their acquisition and transmission as well as infection routes.

Via whole genome sequencing the complete DNA of a cell can be analysed. An important field of application for WGS is the exploration of the biology and the epidemiology of pathogens like E. coli, including their molecular mechanisms and characteristics. Besides the comparison of genomes, a variety of mobile elements can be determined with WGS.

Whole genome sequencing is a young procedure which has only recently been used in microbiology in clinical settings. With high probability WGS will take on an important position in the routine diagnosis and detection of E. coli in the coming years.

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