Titelaufnahme

Titel
Vergleich und Charakterisierung von Phäno- und Genotyp von Klebsiella pneumoniae Isolaten aus Human- und Tierproben aus Edo State, Nigeria
Weitere Titel
Comparison and characterization of phenotype and genotype of Klebsiella pneumoniae isolates from human and animal samples from Edo State, Nigeria
AutorInnenSattler, Anne Helene
GutachterSeper, Helena
Erschienen2018
Datum der AbgabeJuni 2018
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)Klebsiella pneumoniae / Phänotyp / Genotyp / Antibiotikaresistenz / Next-Generation-Sequencing
Schlagwörter (EN)Klebsiella pneumoniae / Phenotype / Genotype / Antibiotic Resistance / Next-generation sequencing
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Das Ziel der vorliegenden Bachelorarbeit war es Klebsiella pneumoniae Isolate von Human- und Tierproben aus Nigeria, sowohl phänotypisch als auch genotypisch zu charakterisieren und zu vergleichen. Insgesamt wurden 45 Proben angezüchtet und mittels MALDI TOF die Spezies bestätigt. Durch eine phänotypische Antibiotikaresistenzbestimmung mittels minimalen Hemmhofdurchmessers wurden Vergleichswerte für die Genotypisierung gewonnen. 16 Isolate, vorwiegend jene die Extended-Spectrum-Betalaktamase produzieren, wurden für eine Genotypisierung ausgewählt. Diese wurden ausgewählt, da bei Stämmen des Mikroorganismus K. pneumoniae in den vergangenen Jahren ein deutlicher Anstieg bei Resistenzen gegen ESBL Antibiotika zu verzeichnen war, und somit eine Antibiotikatherapie immer problematischer wird. In dieser Bachelorarbeit wurde mittels Next-Generation-Sequencing, Technologien der Firma Illumina, Programmen wie Ridom SeqSphere+ und Onlinedatenbanken wie CARD und CGE das Kerngenom, der Sequenztyp, Plasmide und Resistenzgene analysiert. Ziel dieser Arbeit war einen Zusammenhang zwischen Human und Tierproben zu finden, sowie durch die mittels Genotypisierung gewonnen Daten, Rückschlüsse auf die phänotypisch ausgeprägten Antibiotikaresistenzen zu ziehen.

Trotz dem Einsatz von Antibiotika in der Lebensmittelindustrie und der physischen Nähe zu Nutztieren konnten kaum Verbindungen der Isolate von Mensch und Tier gefunden werden. Auch Resistenzvorhersagen ließen sich durch die informationsreichen Daten von NGS nicht ermitteln. Dennoch ist eine Identifizierung der Gene für die Überwachung ihrer Übertragung essentiell, um möglichweise in der Zukunft die Entstehung von Antibiotikaresistenzmuster besser überwachen zu können.

Zusammenfassung (Englisch)

The aim of the present bachelor thesis was to characterize and compare Klebsiella pneumoniae isolates of human and animal samples from Nigeria, by both phenotypic and genotypic methods. Forty- five samples were cultivated, species was confirmed by MALDI TOF. The antibiotic resistance of the phenotype was analysed with disk diffusion test, to create comparative values for the genotype. Sixteen isolates, predominantly those that produce extended sprectrum betalactamases, were selected for genotyping. These were selected because of the significant increase in resistance against ESBL antibiotics of the microorganism K. pneumoniae making antibiotic therapy more and more challenging. In this bachelor thesis the core genome, the sequencetype, plasmids and resistance genes. were analyzed using Next-Generation-Sequencing technology. The aim of this work was to find a link between human and animal samples, and to find connections between the phenotype-pronounced antibiotic resistance and the data obtained by genotyping.

Despite the use of antibiotics in the food industry and the physical proximity to livestock, hardly any connections of the isolates of humans and animals could be found. Resistance predictions could not be determined by NGS data analysis. However, it is essential to identify the genes for monitoring their transmission in order to be able to better monitor antibiotic resistance patterns in the future.