Bibliographic Metadata

Title
RCytoscape als Werkzeug für Bioinformatiker
Additional Titles
RCytoscape as a tool for Bioinformaticians
AuthorAbdelgawad, Abdelrahman
Thesis advisorGerstl, Matthias ; Graf, Alexandra
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageEnglish
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)RCytoscape / Cytoscape / Netzwerkmodelle / biologische Netzwerke
Keywords (EN)RCytoscape / Cytoscape / network modelling / biological networks
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Ein Bild sagt mehr als tausend Worte. Diese Aussage fasst die Notwendigkeit eines Bioinformatikers zusammen, Daten in der modernen Wissenschaft zu visualisieren. Interaktionen zwischen Proteinen und Metaboliten oder Protein-Protein Interaktionen sind nur ein kleiner Teil von zahlreichen Netzwerken die es nötig haben die zugrundeliegenden experimentellen Ergebnisse aussagekräftig darzustellen. Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Netzwerkvisualisierung und im Detail mit der Möglichkeit Graphen über RCytoscape und Cytoscape zu manipulieren und diese anhand von Beispielen darzustellen.

Abstract (English)

A picture is worth a thousand words. This phrase summarizes the bioinformatician’s needs for data visualization and the necessity of such tools in modern science. Interactions between proteins and metabolites or protein-protein interactions are a few of a various number of networks that need a tool of displaying the underlying experimental data in visually compelling fashion. This work delves into the world of network visualization and describe further in detail the use of RCytoscape and its ability to operate and manipulate a graph in Cytoscape with a few examples and explore the possibilities of further emphasizing certain patterns through various function calls.