Bibliographic Metadata

Title
Vorhersage der RNA Sekundärstruktur : (Vienna RNA Package)
Additional Titles
RNA secondary structure prediction (Vienna RNA Package)
AuthorAspan, Jan
Thesis advisorAuer, Norbert ; Graf, Alexandra
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageEnglish
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)RNA / Secondary structure / Vienna RNA Package / RNA folding / non-coding RNA / NCBI / BLAST / RNA Central / Python / Biopython
Keywords (EN)RNA / Secondary structure / Vienna RNA Package / RNA folding / non-coding RNA / NCBI / BLAST / RNA Central / Python / Biopython
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Aufgrund der rapide anwachsenden Anzahl von nicht codierenden RNA Typen und neuen Erkenntnissen derer Eigenschaften, gewinnt die RNA Sekundärstruktur mehr und mehr an Bedeutung. Die Sekundärstruktur ist ausschlaggebend für den Ablauf von Katalysen, wirkt als Gerüst für Proteinkomplexe und ist in Form von tRNA maßgeblich an der Proteinsynthese beteiligt.

Mit dem Anstieg der Anzahl an RNA Typen steigt auch das Interesse an der Voraussagung derer Sekundärstruktur. Mittlerweile gibt es verschiedene Herangehensweisen, wie RNA, mit der Hilfe von Computern ausgewertet werden kann. Eine Möglichkeit ist es, die minimale freie Energie der RNA Sekundärstruktur, zu berechnen.

Dies macht sich das Vienna RNA Package mit dem „RNAfold“ Tool zu nutzen. Mit Hilfe des mitgelieferten Python Interfaces kann der gesamte Code in Python implementiert und angewandt werden.

Durch Vorausberechnungen der Sekundärstruktur können Rückschlüsse auf die Funktionen und Eigenschaften von diversesten RNA Typen gezogen werden.

Abstract (English)

Due to the rapid increase of non-coding RNA types and the new knowledge about their functions, RNA secondary structures significance is growing and growing. Secondary structure is crucial for catalytic processes, acts as scaffold for protein complexes and is relevant for protein synthesis in form of tRNA.

With the increase of non-coding RNA types, the interest in predicting their secondary structure is growing by the same rate. At the moment there are several approaches on how to compute the RNA secondary structures. One possibility is to use the minimum free energy in order to calculate RNA secondary structure.

The Vienna RNA package uses this approach with its delivered „RNAfold” tool. Using the additionally delivered Python interface lets you implement the whole code into Python and utilize it as needed.

With the help of RNA secondary structure prediction conclusions on function and abilities of various RNA types can be drawn.