Bibliographic Metadata

Title
Dateiformatkonvertierung
Additional Titles
fileformat conversion
AuthorHerzig, Daniel
Thesis advisorAuer, Norbert ; Graf, Alexandra
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Bioinformatik / Datenbanken / Konvertierung
Keywords (EN)Bioinformatics / Databases / Conversion
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Das Ziel dieses Projektes war das Erstellen einer Möglichkeit der Konvertierung für gängige Dateiformate mit Bezug zur Bioinformatik. Das erstellte Tool fetchandconvert ist eine kleine Python 3-Anwendung, die GenBank® in ENA-EMBL und GFF3-Dateien in einem GNU/Linux terminal konvertieren kann. ENA-EMBL-Dateien können zu GenBank® und GFF3 gewandelt werden. Neben dieser Funktionalität kann die Anwendung GenBank® und ENA-EMBL-Dateien von den NCBI-Nukleotid- und ENA-Datenbanken heruntergeladen werden, die in einer Datei in Form von IDs oder Zugriffsnummern abgespeichert sind.

Abstract (English)

The goal of this project was to find a way to convert files with common bioinformatics-related-formats. The created tool fetchandconvert is a small Python 3-utility that is capable of converting GenBank®-formatted textfiles to ENA-EMBL- and GFF3-formatted textfiles from a GNU/Linux terminal. ENA-EMBL-formatted textfiles can be converted to GenBank®- and GFF3-formatted files. Beside this functionality the utility can batch-download GenBank®- and ENA-EMBL-formatted textfiles from the NCBI-nucleotide- and ENA-databases from a file containing a list of IDs or accession numbers.