Titelaufnahme

Titel
Metagenomanalyse
Weitere Titel
Metagenome analysis
AutorInnenStangl, Martina
GutachterGraf, Alexandra
Erschienen2018
Datum der AbgabeJuni 2018
SpracheDeutsch
DokumenttypBachelorarbeit
Schlagwörter (DE)MetaSUB / Mikrobiom / Krona Plot / Centrifuge
Schlagwörter (EN)MetaSub / Microbiome / Krona Plot / Centrifuge
Zugriffsbeschränkung
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Klassifikation
Zusammenfassung (Deutsch)

Ziel dieser Arbeit ist die Interpretation der Daten aus dem Vienna MetaSUB Projekt, bei dem Proben von mehreren Stellen in U-Bahn Stationen und Zügen in Wien genommen wurden. Zur Aufarbeitung dieser Daten wurde das Sequenz-Alignment Programm Centrifuge verwendet mit dem die Ergebnisse aus der DNA Sequenzierung der metagenomischen Proben verarbeitet werden können. Centrifuge erzeugt Kraken reports, die mit Hilfe von Krona Plots visualisiert werden können. Zusätzlich zu dieser Visualisierung der einzelnen Proben wurden gesamthaft für alle Proben weitere Analysen mit R durchgeführt. Die Ergebnisse dieser Analyse deckten sich nur zum Teil mit denen anderer Städte, die bereits Resultate aus dem MetaSUB Projekt veröffentlicht haben. Speziell bei der spezifischen Interaktion von Keimen des menschlichen Mikrobioms mit unterschiedlichen Materialien, wie beispielsweise Sitzen, wurden kaum signifikante Ergebnisse sichtbar. Generell ist der Anteil der Bakterien und Hefen, nach denen gesucht wurde, nur ein sehr geringer Teil der mikrobiotischen Zusammensetzung. Ausnahme hierbei ist die Familie der Propionibakterien. Eine Wiener Besonderheit ist die Omnipräsenz von DNA von Unpaarhufern, im Besonderen von Pferden.

Zusammenfassung (Englisch)

This thesis aims to interpret the results of the Viennese MetaSUB project, where samples were taken at various subway stations and trains in Vienna. A tool used for interpretation was Centrifuge, a program used for alignment of sequences generated through DNA sequencing of metagenomic samples. Centrifuge creates Kraken reports which in turn can be visualized with Krona Plots. Additionally to this visualisation of each sample, an analysis has been made on the entirety of the samples. This has been performed with R. Analysis of the results showed to some extend similarities to other results of MetaSUB studies in different cities. However, looking more closely for interactions of the human microbiome with the various materials, hardly any significant correlations could be found. The families of bacteria and yeasts which have been screened for did not really provide for large shares of the overall microbiotic composition, despite of Propionibacteriaceae. A Viennese peculiarity which has been detected is the omnipresence of odd-toed ungulates, especially horses .