Bibliographic Metadata

Title
Methylierungsanalysen in der Epigenetik
Additional Titles
Methylation Analysis in Epigenetics
AuthorTurkusic, Sabina
Thesis advisorGraf, Alexandra
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)Epigenetik / CpG Inseln / Gewebealterung / Methylierungsanalyse
Keywords (EN)Epigenetic / CpG islands / Tissue aging / Methylation analysis
Restriction-Information
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Classification
Abstract (German)

Epigenetische Prozesse können mit den verschiedensten metabolischen Prozessen und Krankheiten in Verbindung gebracht werden. Die Mechanismen zu diesen epigenetischen Änderungen in der Genexpression unterscheiden sich zu den bekannten DNA Mutationen. Es wird hier nicht die DNA selbst modifiziert. Diese Prozesse und die Auswirkungen auf unsere Gesundheit werden in dieser Bachelorarbeit genauer diskutiert.

Aus dem Datensatz aus des Papers “DNA methylation patterns separate senescence from transformation potential and indicate cancer risk” von Wenbing Xie, et al.,, wurden neun Proben ausgesucht, welche mit dem lumi und methyAnalysis Package von Bioconductor in RStudio analysiert wurden. Das Programm normalisiert, analysiert und visualisiert die Daten für die nachfolgende Interpretation.

In dieser Bachelorarbeit, wird genauer auf die Frage eingegangen, wie wahrscheinlich es ist, dass die epigenetischen Änderungen an die nächste Generation weitergegeben werden.

Zur besseren Visualisierung der CpG Inseln und des Methylierungsprofils, wurden Methylierungs Heatmaps erstellt.

Zusammenfassend, epigenetische Prozesse können mit einer großen Anzahl an Krankheiten assoziiert werden und sehr viele dieser Verbindungen sind heutzutage immer noch unbekannt.

Abstract (English)

Epigenetic processes can be linked to various metabolic processes and diseases. The mechanisms to these changes in the gene expression, differ to typical DNA mutations. In epigenetics the DNA itself will not be modified. These processes and the impact on our health will be discussed furthermore in this bachelor thesis.

Nine samples were chosen from the dataset from the scientific paper “DNA methylation patterns separate senescence from transformation potential and indicate cancer risk” from Wenbing Xie, et al., and analysed with the lumi and methyAnalysis package from Bioconductor in RStudio. The program normalizes, analyses and visualizes the data for the subsequent interpretation.

It will be discussed how likely, epigenetic changes will be inherited by the next generation and how these methylation degree changes affect tissue aging.

For better visualization of the CpG islands and the methylation profile, methylation heatmaps were produced.

To conclude, epigenetics can be associated with a huge variety of diseases and many connections are yet still unknown.