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Title
Etablierung der IGH-Klonalitätsanalyse bei B-Zell-Lymphomen
Additional Titles
Establishing an IGH-Clonality Assay for B-Cell Lymphomas
AuthorWechselberger, Viktoria
Published2018
Date of SubmissionJune 2018
LanguageGerman
Document typeBachelor Thesis
Keywords (DE)B-Zell-Lymphom / Lymphom / Leukämie / Klonalität / BIOMED-2
Keywords (EN)B-Cell Lymphoma / Lymphoma / Leukemia / Clonality / BIOMED-2
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Classification
Abstract (German)

Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Etablierung eines PCR-gestützten Systems zum Nachweis der Klonalität maligner B-Zell-Lymphome im Zentrum für Medizinische Genetik im Hanusch Krankenhaus. Durch die Untersuchung einer B-Zell-Population auf das Vorliegen von Klonalität, wie sie im Fall von malignen B-Zell-Erkrankungen vorkommt, kann zwischen gutartigen (reaktiven) und malignen Lymphoproliferationen unterschieden werden. Zur Etablierung des Systems wurden drei Primer Sets herangezogen, welche im Rahmen der BIOMED-2 Concerted Action zur Klonalitätsanalyse des IGH-Locus entwickelt und publiziert wurden. Anhand von Positiv- und Negativ-Kontrollen konnten passende Multiplex-PCR-Bedingungen und ein geeignetes PCR-Protokoll bestimmt werden. Zu diesem Zweck wurden verschiedene PCR-Mastermixe verglichen und die idealen PCR Bedingungen (insbesondere Annealingtemperaturen) der Primer Sets bestimmt. Durch die Untersuchung verblindeter DNA-Proben wurde das Systems schließlich validiert. Zudem wurde dessen Nachweisgrenze anhand einer Verdünnungsreihe ermittelt. Zur Analyse der PCR-Produkte wurden sowohl die Heteroduplex-Methode als auch die Längen-Fragmentanalyse herangezogen und verglichen. Abschließend wird eine Übersicht über mögliche weitere Schritte in Richtung diagnostischer Anwendung des Systems gegeben, die Ergebnisse der Systemvalidierung betrachtet, sowie die diagnostische Relevanz von Klonalitätsuntersuchungen beleuchtet.

Abstract (English)

This bachelor thesis describes the introduction of a PCR-based System for the detection of clonality of malign B-cell lymphomas in the Center for Medical Genetics in the Hanusch Hospital. Considering that B-cell clonality is generally given in B-cell malignancies, it is possible to differentiate between benign (reactive) and malign lymphoproliferations through the analysis of B-cell populations regarding the presence of clonality. In order to establish this system, three primer sets were used, all of which were designed and published by the BIOMED-2 network for IGH-clonality assays. Appropriate multiplex PCR conditions and a suitable PCR protocol were determined using positive and negative controls. To this end, different PCR master mixes were compared and the ideal PCR conditions (annealing temperatures) of the primer sets were defined. Validation of the system was carried out by the analysis of blinded samples. Furthermore, the systems sensitivity was assessed through serial dilution of control samples. For the analysis of the PCR-products, both heteroduplex analysis and fragment analysis were carried out and compared. In closing, an overview in regards to possible further steps towards diagnostic application of the system is given, the results of the system validation are examined, and lastly, the relevance of clonality assays for diagnostic purposes is discussed.

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