Titelaufnahme

Titel
Evolution of Small RNA Composition in Drosophila / Vorgelegt von: Filip Wierzbicki
Weitere Titel
Evolution der Zusammensetzung kleiner RNA in Drosophila
AutorInnenWierzbicki, Filip
GutachterWank, Herbert
Erschienen2018
HochschulschriftWien, FH Campus Wien, Masterarb., 2018
Anmerkung
Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
Datum der AbgabeMärz 2018
SpracheEnglisch
DokumenttypMasterarbeit
Schlagwörter (DE)Drosophila / Kleine RNAs / Sequenzieren / Transponible Elemente / Evolution
Schlagwörter (EN)Drosophila / Small RNAs / Sequencing / Transposable elements / Evolution
URNurn:nbn:at:at-fhcw:1-4718 Persistent Identifier (URN)
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Evolution of Small RNA Composition in Drosophila [6.17 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Kleine Ribonukleinsäuren (sRNAs) weisen regulatorische Eigenschaften in Zellen vieler

Organismen auf. Gut bekannte Beispiele sind clustered regularly interspaced short

palindrome repeats (CRISPRs) in Bakterien, microRNAs (miRNAs) und small

interfering RNAs (siRNAs) in verschiedenen Eukaryoten und P-element-induced wimpy

testis (PIWI)- interacting RNAs (piRNAs) in vielen Tierarten. Diese sRNAs regulieren

zelluläre Prozesse und tragen zum intrazellulären Immunsystem gegen Viren und

transponible Elemente (TE) bei.

Diese Arbeit hat das Ziel die Evolution der sRNAs in der TE-Verteidigung zu

beleuchten. Zu diesem Zweck wurden sRNA-Bibliotheken (18-30 Nukleotide lang) aus

drei verschiedenen Geweben (Embryos, Ovarien, Karkasse) von sieben Drosophila

Spezies ( D. melanogaster , D. simulans , D. mauritiana , D. yakuba , D. erecta , D.

ananassae and D. pseudoobscura ) mithilfe der HiSeq 2500 Illumina Plattform

sequenziert. Zur Analyse wurden die gelesenen Fragmente den Transkript

Annotationen dieser Spezies zugeordnet.

Tatsächlich konnte eine erhebliche Anzahl der gelesenen Fragmente den TE

Sequenzen zugeordnet werden. Die Ergebnisse zeigen auf, dass die Verteidigung

gegen TEs konserviert ist. Jedoch konnten Signale detektiert werden, die auf einen

Wechsel der Strategie des TE, ZAM , deuten. Diese Erkenntnis legt nahe, dass

Veränderungen der evolutionären Pfade stattfinden können und hinterfragt das

derzeitige Wissen über prototypische Elemente in Drosophila , welches hauptsächlich

aus Studien in D. melanogaster stammt.

Zusammenfassung (Englisch)

Small ribonucleic acids (sRNAs) display regulatory properties in cells of many

organisms. Well known examples are clustered regularly interspaced short palindrome

repeats (CRISPRs) in bacteria, microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs

(siRNAs) in different eukaryotes and P-element-induced wimpy testis (PIWI)-

interacting RNAs (piRNAs) in many animals. These small RNAs are involved in the

regulation of cellular processes but also contribute to an intracellular immune system

against viruses and transposable elements (TEs).

This work aims to shed light on the evolution of sRNAs employed in the control of TEs.

For this purpose, sRNA libraries (18-30 nucleotides) of three different tissues (embryo,

ovary, carcass) from seven Drosophila species ( D. melanogaster , D. simulans , D.

mauritiana , D. yakuba , D. erecta , D. ananassae and D. pseudoobscura ) were

sequenced on the HiSeq 2500 Illumina platform. For the analysis, the obtained reads

were mapped to transcript annotations of these species.

Indeed, substantial fractions of reads could be assigned to the class of TE transcripts.

The results point out that the TE defense is mostly conserved. However, the example

of the TE ZAM shows signals that indicate a switch in its invasive strategy. This finding

suggests changes in evolutionary paths of TEs and challenges the current knowledge

about prototypic TEs in Drosophila , which stems mainly from studies in D.

melanogaster.

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